Lnc2Catlas:肿瘤相关的lncRNA数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!

lnc2Catlas是一个肿瘤相关的lncRNA数据库，网址如下

https://lnc2catlas.bioinfotech.org/home/

通过以下三种计算方式来分析肿瘤相关的lncRNA

1. 通过RNAsnp预测SNP对lncRNA二级结构的影响，如果一个疾病相关的SNP位点位于某个lncRNA上，并且引起了lncRNA二级结构的改变，则认为该lncRNA与肿瘤有关
2. 通过MaalCards和其他数据库分析lncRNA与protein之间的相互作用，如果一个lncRNA的互作蛋白与肿瘤相关，则认为该lncRNA也与肿瘤相关
3. 通过lncRNA与mRNA共表达网络，利用TCGA数据库中的肿瘤表达谱数据，构建lncRNA-mRNA共表达网络，然后进行commmunity分析，得到高度相关的lncRNA与mRNA的集合，并进行后续的富集分析

目前该数据库中共收录了33种肿瘤，27670个lncRNA转录本的信息，通过Browse按钮，可以按照肿瘤类型查看相关信息，以乳腺癌为例，结果如下

1. 基本信息

2. 疾病相关的SNP位点

3. 疾病相关的蛋白编码基因

4. 疾病相关的lncRNA

5. 共表达网络

每个子网是从利用总的共表达网络进行community分析的结果，示意如下

通过Search按钮，可以根据lncRNA id, snp id, 疾病名字对数据库进行检索，以lncRNAENST00000604692.1为例，包含了以下几种信息

1. 基本信息

包含lncRNA Id, 染色体定位，序列，二级结构等信息，示意如下

2，影响lncRNA二级结构的SNP位点

3. lncRNA与蛋白的相互作用

4. lncRNA在肿瘤中的表达谱

5. lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络

对于共表达网络中的cluster, 还提供了GO富集分析结果，示意如下

6. 文献支持

该数据库提供了下载功能，示意如下

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！