exoRBase:人类血液外泌体RNA数据库

欢迎关注”生信修炼手册”!

exosome翻译为外泌体,是由细胞分泌的一种直径在30-150nm之间的囊泡，属于细胞外囊泡的一种，含有不同种类的RNA,可以调节受体细胞的行为，并且可以作为疾病的循环生物标记物，在血液，唾液，尿液等多种体液中都广泛存在。

exoRBase是一个人类血液外泌体中RNA的数据库，网址如下

http://www.exorbase.org/

从GEO数据库中收集血液外泌体的转录组测序数据，共收集了来自6个实验共87个样本的数据，每组实验的样本类型都不同，

1. normal persons(NP)
2. coronary heart disease(CHD)
3. colorectal cancer(CRC)
4. hepatocellular carcinoma(HCC)
5. pancreatic adenocarcinoma(PAAD)
6. breast cancer(BC)

另外，又补充了5个人类全血样本，不同类型样本的数量汇总如下

对于这92个样本的数据，采用如下所示的pipeline分析其中的RNA

对于测序的原始数据，首先采用trimmomatic软件去除adapter和低质量序列，然后用hisat2将clean reads比对hg38基因组，采用featurecounts软件对mRNA和lncRNA进行定量，采用TPM来归一化表达量。

对于circRNA,采用ACFs和find_circ两款软件同时预测，取两个结果的交集作为最终结果，定量时采用RPM来归一化表达量。

在以上分析结果的基础上，又通过在pubmed数据库中检索外泌体RNA相关文献，新增了部分RNA数据，所有来源的RNA数量汇总如下

对于mRNA和lncRNA, 结合GTEx项目中的不同组织的表达谱数据，计算了其组织特异性。

通过导航栏的Browse菜单，可以查看外泌体中的各种RNA信息，示意如下

通过导航栏的Search菜单，可以方便的检索该数据库，示意如下

该数据库针对外泌体中的RNA进行研究，其构建的思路值得借鉴。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！