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exoRBase:人类血液外泌体RNA数据库

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生信修炼手册
发布2019-12-19 15:08:48
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发布2019-12-19 15:08:48
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exosome翻译为外泌体,是由细胞分泌的一种直径在30-150nm之间的囊泡,属于细胞外囊泡的一种,含有不同种类的RNA,可以调节受体细胞的行为,并且可以作为疾病的循环生物标记物,在血液,唾液,尿液等多种体液中都广泛存在。

exoRBase是一个人类血液外泌体中RNA的数据库,网址如下

http://www.exorbase.org/

GEO数据库中收集血液外泌体的转录组测序数据,共收集了来自6个实验共87个样本的数据,每组实验的样本类型都不同,

  1. normal persons(NP)
  2. coronary heart disease(CHD)
  3. colorectal cancer(CRC)
  4. hepatocellular carcinoma(HCC)
  5. pancreatic adenocarcinoma(PAAD)
  6. breast cancer(BC)

另外,又补充了5个人类全血样本,不同类型样本的数量汇总如下

对于这92个样本的数据,采用如下所示的pipeline分析其中的RNA

对于测序的原始数据,首先采用trimmomatic软件去除adapter和低质量序列,然后用hisat2将clean reads比对hg38基因组,采用featurecounts软件对mRNA和lncRNA进行定量,采用TPM来归一化表达量。

对于circRNA,采用ACFs和find_circ两款软件同时预测,取两个结果的交集作为最终结果,定量时采用RPM来归一化表达量。

在以上分析结果的基础上,又通过在pubmed数据库中检索外泌体RNA相关文献,新增了部分RNA数据,所有来源的RNA数量汇总如下

对于mRNA和lncRNA, 结合GTEx项目中的不同组织的表达谱数据,计算了其组织特异性。

通过导航栏的Browse菜单,可以查看外泌体中的各种RNA信息,示意如下

通过导航栏的Search菜单,可以方便的检索该数据库,示意如下

该数据库针对外泌体中的RNA进行研究,其构建的思路值得借鉴。

·end·

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原始发表:2019-02-14,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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