使用circRNA_finder识别环状RNA
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circRNA_finder是一款环状RNA预测软件，在对果蝇的研究中采用该软件进行了环状RNA的预测，该软件的源代码托管在github上，网址如下
https://github.com/orzechoj/circRNA_finder
软件的安装比较简便，直接下载解压就可以了，需要注意的是，该软件依赖以下几个软件
- perl
- awk
- STAR
- samtools
其中samtools的版本必须是低于1.0的版本，因为两个版本samtools sort的用法有变化。软件的使用包含如下两个步骤
1. STAR比对参考基因组
STAR是一款转录组数据的比对软件，其支持嵌合体的比对方式，也就是说支持一条reads的两个部分比对到不同的基因组区域，而环状RNA的junction reads就是符合这样的要求，代码如下
STAR \
--genomeDir hg19_star_db/ \
--readFilesCommand gunzip -c \
--readFilesIn R1.fastq.gz R2.fastq.gz \
--runThreadN 4 \
--chimSegmentMin 20 \
--chimScoreMin 1 \
--alignIntronMax 500000 \
--outFilterMismatchNmax 4 \
--alignTranscriptsPerReadNmax 100000 \
--twopassMode Basic \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--chimOutType SeparateSAMold \
--outFilterMultimapNmax 2 \
--outFileNamePrefix C1虽然软件提供了一个名为runStar.pl的脚本，但是由于STAR的版本问题，使用起来并不方便。该脚本本质上是对STAR的封装，直接用STAR就好了，参数设置可以参考脚本中的设置。
2. 运行circRNA_finder
第二步就是预测环状RNA,代码如下
perl \
postProcessStarAlignment.pl \
--starDir star_out_dir \
--minLen 100
--outDir output_dir运行完成之后，会三个文件,对应的后缀如下所示
- _filteredJunctions.bed
- _s_filteredJunctions.bed
- _s_filteredJunctions_fw.bed
第一个文件为所有环状RNA的结果文件；第二个文件为剪切位点符合GT-AG剪切信号的环状RNA；第三个文件和第二个文件的环状RNA相同，只不过新增了环状RNA连接点附近的线性RNA平均测序深度信息。通常情况下，我们选择第二个文件的结果作为最终的环状RNA预测结果，该文件内容示意如下
每一行代表一个环状RNA,第一列代表染色体编号，第二列和第三列分别代表起始和终止位置，第四列代表name,这里用数字编号加上字母s表示，第五列代表环状RNA的junction reads数目,也就是表达量，第六列代表正负链信息。
·end·
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