circinteractome:环状RNA与RBP以及miRNA结合的数据库

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RNA binding protein, 简称RBP,称之为RNA结合蛋白，是一类调控RNA代谢过程的蛋白质，主要作用是介导RNA的成熟，转运，定位和翻译等过程；miRNA是一类长度在21bp左右的小RNA,可以结合到靶标RNA上，抑制其翻译或者使其降解，发挥一个转录后调控作用，这两种物质都具有非常重要的RNA调控作用。

随着高通量测序和生物信息的发展，识别到的环状RNA数量在不断增加，但是大部分环状RNA的生物学功能仍然是未知的。为了探究环状RNA的功能，有学者整理了环状RNA与RBP，miRNA之间的调控信息，构建了circinteractome数据库，网址如下

https://circinteractome.nia.nih.gov/index.html

数据库构建的流程示意如下

从circbase获取环状RNA基因组位置信息，通过UCSC提取环状RNA的序列，利用环状RNA头尾相连构成的junction reads，查询CLIP等数据分析结果，得到环状RNA与RBP蛋白的结合信息，设计验证环状RNA的PCR引物，查询siRNA位点；利用环状RNA全长序列，查询RBP结合位点，miRNA结合位点，以及IRES位点。

通过该数据库，可以实现以下功能

1. circRNA

查询环状RNA的基本信息，包括环状RNA ID，染色体位置，来源基因，RBP结合等信息，结果示意如下

2. RBP on CircRNA

查询环状RNA上的RNA蛋白结合位点，结果示意如下

3. miRNA target Sites

查询环状RNA上的miRNA结合位点，通过targetscan软件来预测，结果示意如下

4. Divergent Primers

通过PCR扩增环状RNA序列时，PCR引物的方向和常规线性RNA的是不同的，图示如下

在实际操作中，从环状RNA连接点两侧各取50到100bp的序列来设计PCR引物，数据库中给出的结果如下所示

5. siRNA design

siRNA称之为小干扰RNA，是一种长度在20-25bp范围内的双链RNA,作用和miRNA类似，可以与靶标RNA结合，具有调控基因表达的功能。通过该数据库可以查询环状RNA可能的siRNA结合序列，从而帮助我们设计siRNA,结果示意如下

该数据库不仅提供了环状RNA与RBP,miRNA的调控网络，还可以帮助我们设计PCR引物来验证环状RNA，或者设计siRNA干扰环状RNA的表达，帮助我们研究其功能。

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