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circinteractome:环状RNA与RBP以及miRNA结合的数据库

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生信修炼手册
发布2019-12-19 15:11:29
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发布2019-12-19 15:11:29
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RNA binding protein, 简称RBP,称之为RNA结合蛋白,是一类调控RNA代谢过程的蛋白质,主要作用是介导RNA的成熟,转运,定位和翻译等过程;miRNA是一类长度在21bp左右的小RNA,可以结合到靶标RNA上,抑制其翻译或者使其降解,发挥一个转录后调控作用,这两种物质都具有非常重要的RNA调控作用。

随着高通量测序和生物信息的发展,识别到的环状RNA数量在不断增加,但是大部分环状RNA的生物学功能仍然是未知的。为了探究环状RNA的功能,有学者整理了环状RNA与RBP,miRNA之间的调控信息,构建了circinteractome数据库,网址如下

https://circinteractome.nia.nih.gov/index.html

数据库构建的流程示意如下

从circbase获取环状RNA基因组位置信息,通过UCSC提取环状RNA的序列,利用环状RNA头尾相连构成的junction reads,查询CLIP等数据分析结果,得到环状RNA与RBP蛋白的结合信息,设计验证环状RNA的PCR引物,查询siRNA位点;利用环状RNA全长序列,查询RBP结合位点,miRNA结合位点,以及IRES位点。

通过该数据库,可以实现以下功能

1. circRNA

查询环状RNA的基本信息,包括环状RNA ID,染色体位置,来源基因,RBP结合等信息,结果示意如下

2. RBP on CircRNA

查询环状RNA上的RNA蛋白结合位点,结果示意如下

3. miRNA target Sites

查询环状RNA上的miRNA结合位点,通过targetscan软件来预测,结果示意如下

4. Divergent Primers

通过PCR扩增环状RNA序列时,PCR引物的方向和常规线性RNA的是不同的,图示如下

在实际操作中,从环状RNA连接点两侧各取50到100bp的序列来设计PCR引物,数据库中给出的结果如下所示

5. siRNA design

siRNA称之为小干扰RNA,是一种长度在20-25bp范围内的双链RNA,作用和miRNA类似,可以与靶标RNA结合,具有调控基因表达的功能。通过该数据库可以查询环状RNA可能的siRNA结合序列,从而帮助我们设计siRNA,结果示意如下

该数据库不仅提供了环状RNA与RBP,miRNA的调控网络,还可以帮助我们设计PCR引物来验证环状RNA,或者设计siRNA干扰环状RNA的表达,帮助我们研究其功能。

·end·

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原始发表:2019-02-22,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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