PAVIS:对peak区域进行基因注释的在线工具

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PAVIS是一个在线工具，可以对peak区间与基因组各个特种的overlap情况进行注释，网址如下

https://manticore.niehs.nih.gov/pavis2/

对于一个gene而言，将其分成了以下区域，图示如下

蓝色方框代表外显子，红色线条代表内含子，在第一个外显子的5’端为转录起始位点TSS, 在最后一个外显子的3’端为转录终止位点TTS。TSS和TTS之间的所有序列通过剪切形成成熟mRNA序列。在剪切过程中内含子会被去除，只保留外显子。mRNA在翻译过程中，在5’端和3’端各有一段不翻译的区域，称之为UTR,对应图中绿色方框的部分。

TSS上游区域称之启动子区，也称之为upstream, 由于没有明确的长度定义，在实际处理中，通常取一个固定的阈值，比如2kb等；与之对应，在TTS下游的区域称之为downstram, 也是取一个固定长度。

在线工具的用法如下，首先选取对应的基因注释，并定义upstream和downstream的长度，然后上传bed格式的peak文件就可以了，示意如下

在结果页面，首先用表格展示各部分的比例

除此之外，还采用饼图和柱状图展示各个部分的比例，示意如下

更多的用法请移步官网详细探究。

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