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TSNAdb:肿瘤新抗原数据库

TSNAdb是一个肿瘤特异性新抗原的数据库,从TCGA和TCIA数据库中收集了16种肿瘤共7748个肿瘤样本的体细胞突变和HLA alleles信息,然后分别使用NetMHCpan v2.8和NetMHCpan v4.0两款软件来预测突变的肽段与HLA之间的亲和力,对应的文章链接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6203688/

数据库的网址如下

http://biopharm.zju.edu.cn/tsnadb

构建的pipeline 图示如下

在原始分析结果的基础上,提供了浏览,检索,验证和下载的功能。

1. Browser

通过基因名称来查看相关的肿瘤新抗原,可以指定分析的软件和肿瘤类型,检索框示意如下

结果示意如下

通过基因名称进行检索,检索框示意如下

检索结果以热图进行展示,示意如下

热图中的每个格子代表突变的肽段与HLA alleles之前的结合亲和性,亲和性从低到高,颜色从黄色过渡到红色,有颜色的单元格代表一个肿瘤新抗原,鼠标悬浮到对应的单元格上可以显示突变,HLA Allel, 亲和性数值等具体信息。

3. Validation

利用IEDB数据库中提供的肽段与HLA亲和性数据进行验证,结果示意如下

4. Download

将分析结果按照不同的肿瘤类型分开,示意如下

通过TSNAdb可以快速检索肿瘤新抗原,分析查找多种肿瘤中共享的新抗原,有助于寻找新的免疫治疗靶点。

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(gh_0146e37a8a70),作者:lzyg

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-07-25

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