annoPeakR:一个peak注释的在线工具

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annoPeakR是一个peak注释工具，基于R语言中的shiny包开发出的web应用，网址如下

https://apps.medgen.iupui.edu/rsc/content/19/

集成了人和小鼠多个版本的参考基因组信息，只需要上传bed格式的peak文件就可以进行分析了，支持一次上传多个，示意如下

官网也提供了测试数据，点击Load sample Data可以看到。对于Peak文件而言只需要四列，分别代表染色体，起始，终止位置和peak的名称，示意如下

对于每个peak文件，提供了以下两种注释信息

1. peak associated gene structures

peak关联基因的分析是通过ChIPpeakAnno这个R包来实现，注释结果提供了csv的格式供下载，内容示意如下

不仅给出了对应的基因注释，还根据peak与基因的距离定义了downstream等类别，其中promoter和enhancer这两种类别的距离可以自定义

对于不同类别peak的分布，还提供了柱状图，示意如下

2. peak to nearest peak distances

绘制peak与对应基因距离的频率分布曲线，示意如下

同时还可以多个peak进行分析，包含以下两种结果

1. overlapping peak identifications

peak区间的交集分析，提供了交集peak的数量统计，结果示意如下

2. overlapping peak-associated genes

peak关联基因的venn分析以及功能富集分析，示意如下

在线工具操作简单，尤其对于不熟悉R语言的人而言。这个在线工具不仅提供了和CHIPpeakAnno相同的注释结果，而且还有更多功能，是一个不错的选择。

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