The Cancer Immunome Atlas:肿瘤免疫图谱数据库

肿瘤免疫疗法在多种恶性肿瘤的临床治疗上取得了显著效果，然而还是存在大部分患者对于免疫疗法没有响应的问题。为了更好的理解肿瘤和免疫细胞相互作用，科学家对来自TCGA和其他几个大型肿瘤研究项目，共20种实体瘤的NGS数据进行分析，对应文章链接如下

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2211124716317090

为了更好的查看分析结果，将相关数据整理成了一个数据库，网址如下

https://tcia.at/

点击每个肿瘤对应的柱状图，可以查看具体的数据，以乳腺癌BRCA为例，结果如下

1. Patients list

列出了每个肿瘤患者的ID, 性别，年龄等信息，示意如下

点击患者ID, 可以查看详细的临床信息，示意如下

2. Gene Expression

对于基因的表达量，提供了以下3种结果

1. gene expression boxplots
2. gene expression heatmaps
3. survival analysis

结果示意如下

3. Cell type Fractions

使用qyanTIseq和Cibersort两款软件分析肿瘤患者的免疫细胞组分，结果示意如下

4. GSEA

分析在某种特定的肿瘤中免疫细胞是否富集，结果示意如下

5. Heterogeneity

分析不同肿瘤患者的异质性，结果示意如下

6. Neoantigens

分析肿瘤新抗原，结果示意如下

该数据库不仅可以查看TCGA中不同肿瘤的分析结果，其分析内容也值得我们借鉴，对于肿瘤样本的NGS数据， 可以进行基因表达与生存分析的关联分析，可以进行免疫细胞浸润分析，新抗原预测等分析内容。