使用PeakAnalyzer进行peak注释

生信修炼手册

发布于 2019-12-19 15:43:31

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PeakAnalyzer是一款经典的peak注释软件，由PeakSplitter和PeakAnnotator两款工具构成，网址如下

https://www.bioinformatics.org/peakanalyzer/wiki/Main/Overview

1. PeakSplitter

该程序用于将原始的peak拆分成小的peak区间，示意如下

在上图中黑色峰型对应的区域为一个原始的peak区域，经过peaksplitter处理之后，拆分成了6个小的peak区间，称之为subpeak, 对应图中灰色区域，其中三个subpeak上包含了oct4, Nanog, Sox2的motif。

基本用法如下

PeakSplitter -p sampelA.peak -w sampleA.wig -f  -o out_dir

-p参数代表原始的peak文件，为BED格式，示意如下

chr3    121848221       121848736

-w参数代表样本对应的bedgraph文件，示意如下

track type=bedGraph name=Oct4_ChIP-Seq description=Oct4_Chen_2008
chr3    121848220       121848224       4
chr3    121848224       121848225       6
chr3    121848225       121848235       7
chr3    121848235       121848241       6
chr3    121848241       121848246       5

输出结果示意如下

Chromosome      Start   End     Height  SummitPosition
chr3    121848220       121848250       7       121848230
chr3    121848294       121848403       52      121848377
chr3    121848404       121848454       55      121848433
chr3    121848455       121848625       103     121848480
chr3    121848626       121848736       25      121848652

该程序将原始的peak拆分成了长度不一的subpeaks, 适用于组蛋白修饰这种peak长度变化范围的chip_seq数据的处理。

2. PeakAnnotator

该程序由以下3个子命令构成

NDG用于查找peak区间下游最近的non-ovlapping基因，会在正负两条链上分别寻找，示意如下

TSS用于在正负两条链上查找peak下游最近的转录起始位点，基本用法如下

PeakAnnotator TSS \
peak.bed \
hg19.sorted.bed12 \
gene_symbol.txt \
NDG.txt

输出结果示意如下

ODS用于分析两个peak的overlap区域，基本用法如下

PeakAnnotator  ODS peakA.bed peakB.bed overlap.bed

输出结果示意如下

·end·

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原始发表：2019-04-03，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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