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使用WebLogo可视化motif

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WebLogo是一款经典的motif可视化软件,在很多的文章中都提到了使用该软件绘制motif的sequence logo。作为一个在线工具,其操作简单,易于使用,网址如下

http://weblogo.threeplusone.com/

只需要上传序列的多序列比对结果即可, 以下图中的bing sites的序列为例

1. 上传多序列比对结果

点击create菜单,上传fasta格式的多序列比对结果

示例中的多序列比对结果如下

>binding_site1
CCCATTGTTCTC
>binding_site2
TTTCTGGTTCTC
>binding_site3
TCAATTGTTTAG
>binding_site4
CTCATTGTTGTC
>binding_site5
TCCATTGTTCTC
>binding_site6
CCTATTGTTCTC
>binding_site7
TCCATTGTTCGT
>binding_site8
CCAATTGTTTTG

2. 调整参数设置

分为了两个部分,第一部分主要调整输出文件的格式,示意如下

可以设置标题,输出文件的格式,支持PNG,PDF,SVG,JPEG等多种格式。对于输入的序列类型会自动进行判断,支持dan, rna, protein3种序列。

第二部分主要调整图片上显示的内容,示意如下

一般情况下,都需要把error bar和version信息去掉。这部分最主要调整的是配色,对于DNA和RNA, 内置的配色如下

对于蛋白质序列,内置的配色如下

设置调整好之后,点击Create WebLogo即可。示例中的DNA序列,采用classic配色,结果如下

webLogo还有对应的命令行版本,可以本地运行,基本用法如下

weblogo --format PNG < cap.fa > cap.png

更多参数和细节请参考官网的帮助文档。

·end·

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本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(gh_0146e37a8a70),作者:lzyg

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原始发表时间:2019-04-08

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