metascape: 最强大的基因富集分析在线工具
metascape是一个web工具，提供了基因富集分析，蛋白质互作网络分析等多种功能，对应的文章发表在nature communications上， 链接如下
https://www.nature.com/articles/s41467-019-09234-6
网址如下
http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1
该网站集成了40多个基因功能注释数据库，并且提供了多样化的可视化方式，对于生物学家而言，通过该网站可以轻松的对基因功能进行探索和分析，目前已有451篇文章引用了该工具，其可视化方式如下所示
1. circos plot
2. Enrichment Bar Graph
3. Enrichment Heatmap
4. Enrichment Network
5. Protein Complex Network
6. Membership Pie Chart
集成的功能注释数据库如下所示
如上图所示，利用这些功能注释的数据库，主要进行以下几种分析
- ID Conversion
- Gene Annotation
- Enrichment Analysis
- Interaction Network Analysis
对于单个基因列表，默认进行富集分析和PP分析，如下所示，输入基因列表，选定物种, 然后点击Express Analysis即可
结果包含以下两种
1. 富集分析的柱状图
默认使用GO, KEGG, Reactome, CORUM等多个数据库进行富集分析，结果如下所示
用柱状图的形式展示top15个显著富集的terms, 示意如下
用网络图的形式展示富集到的terms之间的关系，示意如下
2. PPI分析
提供了蛋白质相互作用网络图，并采用MCODE算法对PPI网络进行聚类，识别其中的subnetwork,即潜在的蛋白复合体，结果示意如下
如果同时输入多个基因，还额外提供下两种可视化方式，第一种是多个富集结果的展示，用热图的形式进行展示，示意如下
第二种是输入的多个基因集之间的overlap分析，结果用circos图来展示，两个区域之间的lnks连线代表了对应的overlap，结果示意如下
metascape集成的数据库最多，而且更新的也非常及时。通过自定义分析，可以实现多个数据库的功能分析。该数据库目前支持人，小鼠，大鼠等10个物种的基因分析，是一个非常强大的基因功能分析工具。