metascape是一个web工具,提供了基因富集分析,蛋白质互作网络分析等多种功能,对应的文章发表在nature communications上, 链接如下
https://www.nature.com/articles/s41467-019-09234-6
网址如下
http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1
该网站集成了40多个基因功能注释数据库,并且提供了多样化的可视化方式,对于生物学家而言,通过该网站可以轻松的对基因功能进行探索和分析,目前已有451篇文章引用了该工具,其可视化方式如下所示
集成的功能注释数据库如下所示
如上图所示,利用这些功能注释的数据库,主要进行以下几种分析
对于单个基因列表,默认进行富集分析和PP分析,如下所示,输入基因列表,选定物种, 然后点击Express Analysis
即可
结果包含以下两种
默认使用GO, KEGG, Reactome, CORUM等多个数据库进行富集分析,结果如下所示
用柱状图的形式展示top15个显著富集的terms, 示意如下
用网络图的形式展示富集到的terms之间的关系,示意如下
提供了蛋白质相互作用网络图,并采用MCODE
算法对PPI网络进行聚类,识别其中的subnetwork,即潜在的蛋白复合体,结果示意如下
如果同时输入多个基因,还额外提供下两种可视化方式,第一种是多个富集结果的展示,用热图的形式进行展示,示意如下
第二种是输入的多个基因集之间的overlap分析,结果用circos图来展示,两个区域之间的lnks
连线代表了对应的overlap,结果示意如下
metascape集成的数据库最多,而且更新的也非常及时。通过自定义分析,可以实现多个数据库的功能分析。该数据库目前支持人,小鼠,大鼠等10个物种的基因分析,是一个非常强大的基因功能分析工具。