SurvNet:基于网络的肿瘤biomarker基因查找算法

SurvNet是一种基于网络的算法，用于识别与患者生存状态相关的biomarker, 文章发表在Nucleic Acids Research，链接如下

https://academic.oup.com/nar/article/40/W1/W123/1073200

对应的的web server的网址如下

https://bioinformatics.mdanderson.org/survnet/

如下图所示，该软件需要提供3个输入文件

1. network

networ表示的是基因间的网络，可以是相互作用网络， 调控网络等，文件内容示意如下

\t分隔的两列，每一行代表具有相互作用的两个基因。

2. expression

expression表示的是基因在样本中的表达量，文件内容示意如下

3. survival

survival代表样本的生存状态，内容如下所示

上述3个文件上传完成之后，直接点击Submit运行即可。结果示意如下

该算法是在整个网络中搜索与患者的生存状态相关的子网subnetwork, 结果按照p值进行排序，点击Graph按钮可以查看子网的结果，示意如下

SurvNet提供了一种分析生存相关biomarker的新算法，是目前唯一一个基于网络的生存相关biomaker挖掘算法，值得一试。