Epifactors:表观因子数据库

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对于DNA甲基化，组蛋白修饰，染色质重塑等表观遗传标记分子的研究迅猛发展，在相关领域已经积累了大量的认知。通过对研究表明的参与这些表观遗传机制的蛋白对应的基因，功能进行整理和归纳，构建了Epifactors数据库，网址如下

http://epifactors.autosome.ru/

为了提供更加全面和丰富的认知，在传统的直接参与表观遗传的蛋白的基础上，定义了表观因子这个概念，将直接参与表观遗传的核心蛋白和其周边蛋白联系起来，进一步丰富了表观遗传中相关分子的网络结构。

将以下几种蛋白定义为表观因子

1. Proteins acting as histones, histone variants or protamines;
2. Proteins performing post-translational modifications of histones or recognizing such modifications (histone modification ‘writers’, ‘erasers’ or ‘readers’);
3. Proteins changing the general structure of chromatin (performing chromatin remodeling), including Proteins that move, eject or restructure nucleosomes (ATP-dependent chromatin remodelers) and proteins that incorporate histone variants into the nucleosomes.
4. Proteins assisting histone folding and assembly;
5. Proteins acting upon modifications of DNA or RNA in such a way that it affects gene expression, but not through RNA processing;
6. Protein cofactors forming complexes with epigenetic factors, where complex formation is important for the activity.

对这些因子对应的基因，蛋白，产物，构成的蛋白复合体进行了详细注释，提供了更加完整的信息链。对于表观因子的功能进行了分类，几种主要功能相关的因子数量统计如下

官网提供了以下3种类型的检索和查看方式

1. Genes
2. Complexes
3. Histones and Protamines

以Genes为例，结果如下所示

可以看到gene symbol, 蛋白ID, domain, 功能，功能，构成的蛋白复合体，调控的目标分子等信息。

同时部分因子还提供了在不同细胞系和组织中的表达量数据，示意如下

该数据库中的信息是免费下载的，示意如下

该数据库对于表观遗传领域的研究人员而言，是一个非常值得参考的数据库，可以快速对某个表观因子的功能有一个较为完整的认知。

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