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增强子是真核生物基因组中的一段长度在几十到几千bp之间的DNA序列,可以显著提高靶标基因的转录活性,属于顺式作用元件的一种。
1981年Benerji在SV40 DNA中发现一个140bp的序列,可以大大提高血红蛋白融合基因的表达水平,位于SV40 早期基因的上游, 由两个正向重复序列组成,每个长度在72bp 。
和启动子区的转录调控机制相比,增强子的作用方式有以下几个特点
鉴定增强子的方法多种多样,在chip_seq领域,常用的有以下几种方式
通过对chip-seq数据进行分析,鉴定出了非常多的增强子序列。在此基础上,进一步提出了超级增强子的概念,将增强子富集的区域定义为超级增强子,识别的方法如下
首先利用chip数据识别到增强子区域,然后对增强子区进行合并, 距离在12.5kb范围内的增强子合并为一个区域,最后将合并后的区域和未合并的区域根据某种score进行排序,画出第三步的图,将斜率在1以上的区域称之为超级增强子。
目前增强子和超级增强子也有对应的数据库出现,在后续文章中会详细介绍。
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