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DENdb:human增强子数据库

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生信修炼手册
发布2019-12-19 15:59:50
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发布2019-12-19 15:59:50
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DENdb采用5种不同的方法对人类不同细胞系中的增强子进行了预测,同时还提供了增强子区域与DNA内切酶超敏位点,转录因子结合区域的overlap信息,该数据库网址如下

http://www.cbrc.kaust.edu.sa/dendb/index.php

采用的5种方法列表如下

  1. ChromHMM
  2. Segway
  3. RFECS
  4. CSI-ANN
  5. ENCODE integrated annotation

该数据库中不同细胞系预测到的增强子数量汇总如下

每种方法对应的增强子数量统计如下

目前该数据库的检索功能已经失效了,只能从下载的文件中查看增强子的相关信息,从下载的enhancers.csv.zip文件中,可以查看每种细胞系中增强子的区间信息,部分文件内容示意如下

从下载的dnase.csv.zip文件中,可以得到DNAse_seq鉴定到的DNAse酶超敏位点,部分文件内容示意如下

从下载的enhancer_dnase.csv文件中,可以得到增强子与DNase酶超敏位点的交集信息,部分文件内容示意如下

类似的从下载文件也可以得到TFBS以及增强子与TFBS的交集信息,同时还提供了增强子靶基因信息,根据enhancer_targets.tsv.zip文件可以得到该信息,部分文件内容示意如下

该数据库中的增强子区间信息是基于hg19版的基因组来定位的, 其预测增强子区间的方法值得借鉴。

·end·

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原始发表:2019-04-28,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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