Juicebox:Hi-C数据可视化利器

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Juicer软件运行之后会得到后缀为hic的结果文件，该文件可以导入到juicebox这个工具中进行可视化。该工具是一款图形界面工具，可以方便的查看和展示Hi-C图谱，从以下链接可以下载该软件

https://github.com/aidenlab/juicebox/wiki/Download

采用javar语言开发的GUI工具，支持多个平台。启动之后的界面如下所示

通过File->open可以导入后缀为hic的文件进行查看，可以导入本地的文件，也可以输入url。软件也内置了ENCODE的数据集，示意如下

双击即可导入，导入之后的界面如下

首先展示的是所有染色体的HI-C图谱，通过工具栏可以选择染色质，调整分辨率，对交互矩阵进行归一化，调整显示的染色质区域。以17号染色质体为例，在Chromosomes一栏中，两列都选择17号染色体，代表交互矩阵的行和列都是17号染色体，然后点击右边的刷新按钮，结果如下

通过Normalization工具调整归一化方法；通过Resolution工具调整分辨率；通过Goto工具调整显示的染色体区域。

通过简单的操作就可以查看和展示Hi-C图谱了，除了这些基本功能外，还支持导入注释文件，通过View->Show Annotation Panel可以打开注释文件面板，注释信息分为1D和2D的两种，1D的主要指的是chip_seq,RNA_seq等信息，2D指的是TAD,染色质环等信息，通过Load ENCODE可以导入ENCODE数据库中的一维注释，示意如下

勾选需要导入的注释信息，通过Load进行导入，打入之后界面如下

每个导入的track的颜色等配置可以在面板中进行调整，如下所示

通过Load Loops/Domain可以导入2D的注释信息，示意如下

导入之后在Hi-C图谱中看到对应的标记，如下所示

黄色区域标记的是TAD, 浅蓝色区域标记的是染色质环，调整好之后的图片也可以导出成PDF或者SVG格式。

通过juicebox, 可以动态探索Hi-C图谱，轻松实现高质量的Hi-C图片可视化效果。

·end·

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