使用GDC API查看和下载TCGA的数据

API是应用程序编程接口，很多的网站都有对应的API,方便程序抓取数据，比如NCBI, EBI, KEGG等等，GDC也有对应的API, 可以方便的查询和下载TCGA的数据，API的网址如下

https://gdc.cancer.gov/developers/gdc-application-programming-interface-api

API都有一个base url, 通过base url加上内置的指令，可以实现特定数据集的访问和下载，GDC API的base url如下

https://api.gdc.cancer.gov/<endpoint>
https://api.gdc.cancer.gov/legacy/<endpoint>

第一种访问和操作GDC harmonized database, 第二种访问和操作GDC legacy archive。endpoint是内置的指令，支持的指令如下所示

从功能上可以划分为查询，下载，提交数据三大块，常用的的功能包括查询和下载

1. 查询

通过JSON这种格式进行数据交换，以files为例，以其对应的uuid为例进行查询的用法如下

curl https://api.gdc.cancer.gov/files/5891556e-0b86-42bd-aa0e-a319471dc574

返回的数据如下

这种格式就是JSON, 可以和网站上的查询结果比较一下，链接如下

https://portal.gdc.cancer.gov/files/5891556e-0b86-42bd-aa0e-a319471dc574

可以看到API返回的信息中包含了网页上提供的基本信息。在实际使用中，更多的是按照某种条件进行检索，相关的参数很多，这里就不展开了。

2. 下载

通过download指定，可以根据文件的uuid进行下载，有GET和POST两种方式。GET适用于同时下载几个文件，POST适用于大批量下载。

以GET方式下载的用法如下

curl --remote-name --remote-header-name 'https://api.gdc.cancer.gov/data/5891556e-0b86-42bd-aa0e-a319471dc574'

如果有多个文件的uuid,用逗号连接，示意如下

curl --remote-name --remote-header-name 'https://api.gdc.cancer.gov/data/e3228020-1c54-4521-9182-1ea14c5dc0f7,18e1e38e-0f0a-4a0e-918f-08e6201ea140'

以POST方式下载需要主要准备一个文件，记录要下载文件的uuid编号，该文件可以有两种格式，第一种示意如下

ids=556e5e3f-0ab9-4b6c-aa62-c42f6a6cf20c&ids=e0de63e2-02f3-4309-9b24-69f4c24e85fc

假设该文件名称为uuids, 下载的命令为

curl --remote-name --remote-header-name --request POST 'https://api.gdc.cancer.gov/data' --data @uuids

第二种示意如下

采用该文件进行下载的命令如下

curl --remote-name  \
--remote-header-name  \
--request POST \
--header 'Content-Type: application/json' \
--data @uuids \
'https://api.gdc.cancer.gov/data'

以上只是GDC API的基本用法，更多用法请参考官方文档，链接如下

https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Getting_Started/

通过熟练使用API,可以实现程序自动化的下载TCGA数据，有很多TCGA数据下载的R包，就是通过调用API来实现对应的功能。