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HiGlass:高度定制的Hi-C数据可视化应用

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生信修炼手册
发布2019-12-19 17:55:40
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发布2019-12-19 17:55:40
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HiGlass是一个hi-C数据可视化的web应用,参考UCSC基因组浏览器和juicebox中数据的展示形式,运用D3.js等流行的可视化框架对数据进行展示,基于web技术提升了用户的交互体验,缺点就是需要搭建过程比较繁琐。网址如下

http://higlass.io/about

和其他基因组浏览器类似,将每种需要展示的信息定义为tracks, 提供了一下不同的展现形式

下列网址是一个demo网站,展示了HiGlass的各种视图

http://higlass.io/

1. single view

单个视图窗口,用于展示单个hi-c图谱,基本展现形式如下

用热图的形式展现hi-c图谱,允许通过鼠标进行缩放,或者通过搜索框指定基因组区域。

2. two linked views

相互关联的两个窗口,两个窗口展示的基因组区域是同步的,可以方便的比较两个Hi-C图谱的异同,示意如下

3. genome browser-like view

像基因组浏览器一样展示数据,示意如下

当然还有更多的展现形式,综合运用各种views, 可以灵活的进行定制,创建出很多高大上的展现形式,下面网址是一些示例

http://higlass.io/examples

通过编辑配置文件,可以对可视化的数据和形式进行精细的调整,比如下图中修改热图的配色等

HiGlass的使用门槛较高,但是其展示形式更加多样,生成的效果图也更加美观,是一款hi-c数据可视化的利器,更多用法请参考官方文档。

·end·

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原始发表:2019-05-30,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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