TSGene:肿瘤抑癌基因数据库
抑癌基因tumor suppressor gene，简称TSG,是一类存在于正常细胞内，可以抑制细胞生长并且具有潜在抑癌作用的基因。TSGene是一个从文献中收集整理的抑癌基因数据库，文章发表在Nucleic Acids Research，链接如下
https://academic.oup.com/nar/article/41/D1/D970/1074154
数据库的网址如下
https://bioinfo.uth.edu/TSGene/
最新版本为v2.0版本，共收录了1217个human TSGs, 其中包含1018个蛋白编码基因和199个lncRNA，同时对这些基因进行了多种注释，包括表达量，突变位点，蛋白相互作用等注释信息。通过官网的Query菜单，可以检索基因的详细信息，以BRCA1为例，结果如下
1. General information
包含了基因名称，染色体位置，对应的pathway与疾病，序列等信息，示意如下
2. Literature
展示了该基因相关的文献和摘要信息，示意如下
3. Expression
展示该基因在不同肿瘤的正常和患病样本的表达量信息，以及差异分析的结果，示意如下
4. Regulation
包含了以下四种调控信息
- miRNA与该基因的调控关系
- 转录因子与该基因的调控关系
- 该基因的转录后修饰
- 该基因的甲基化表达谱
利用miRTarBase数据库中的miRNA靶基因信息，提供了如下所示的miRNA调控网络，示意如下
利用TransFac数据库提供了调控该基因的转录因子信息，示意如下
利用Uniprot数据库提供了该基因的转录后修饰信息，示意如下
利用DiseaseMeth数据库提供了该基因上的甲基化位点表达谱信息，示意如下
5. Variant
利用COSMIC数据库，提供了该基因上的体细胞突变和CNV位点信息，体细胞突变的结果示意如下
6. Interaction
提供了基因的相互作用信息，其相互作用来源于多个数据库，示意如下
数据库中的信息是免费下载的，这个数据库和ONGene数据库正好互补，对于肿瘤研究而言，这两个数据库都非常值得参考。