使用GDC下载TCGA肿瘤患者的临床信息

在GDC中，对肿瘤患者的临床信息进行了标准化，分成了以下7个类别

1. Demographic
2. Diagnosis
3. Exposure
4. Family History
5. Follow Up
6. Molecular Test
7. Treatment

在以下链接中，提供临床信息的具体列表，共有200多项

https://gdc.cancer.gov/about-data/data-harmonization-and-generation/clinical-data-harmonization

其中有20项临床信息是必须的，展示如下

在GDC中，临床信息的下载和普通文件是类似的，在Repository中，数据类型选择Clinical, 示意如下

当然可以根据Cases的属性在进行过滤，过滤之后，在右侧可以看到文件的列表，示意如下

可以看到，原始的临床信息采用了XML格式来存储，在改文件中保存的信息更加全面。将对应的文件添加到Cart中，可以进行下载，示意如下

如果需要下载原始的文件，可以通过点击Download, 下载manifest文件，通过gdc-client来下载，这样做需要后期自己读取XML文件中的信息，在进行整理。

对于临床信息，同时还提供了TSV和JSON的下载格式，其中TSV格式特别的友好，用Excel打开即可查看，示意如下

列数较多，这里只截取了部分。需要注意，这种方式得到的临床信息相比XML文件会少一点，但是对于生存分析等常用场景来说，也足够了。