TANRIC整合了来自TCGA, CCLE等大型肿瘤研究项目的数据,对多种肿瘤的lncRNA表达量进行分析,差异分析,并对lncRNA与临床信息,基因组等数据进行相关性分析,文章发表在Cancer Research上,链接如下
http://cancerres.aacrjournals.org/content/75/18/3728
网址如下
https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/main.html
数据库构建的pipeline示意如下
RPKM
的定量方式,筛选表达量在所有样本中平均值大于0.3的lncRNA进行后续差异分析网站分为了以下6个模块
这部分可以查看每种肿瘤的数据来源,样本个数等信息,示意如下
点击Show
按钮,可以查看详细信息,示意如下
这部分查看每个肿瘤中lncRNA表达量的聚类结果,以热图的形式呈现,示意如下
这部分用于下载数据,示意如下
其他3个模块结果是类似的,都是用于查看lncRNA分析的结果,分成了如下所示的3种分析
结果展示示意如下
对于肿瘤中的lncRNA研究而言,该数据库非常值得参考。