使用WashU Epigenome Browser可视化hi-c数据

Washu Epigenome Browser是一款基因组浏览器，相比UCSC等基因组浏览器，其不仅能够展示RNA_seq, chip_seq等二维信息，还可以展示Hi-C等三维基因组学数据分析结果，网址如下

http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/

该浏览器的功能特别强大，本文只是介绍下如何通过这个浏览器来展示Hi-C数据，步骤如下

1. 选择参考物种和版本

内置了人，小鼠，大鼠等常用物种，在展示信息之前，首先需要选择对应的参考物种和基因组版本，如下图所示

2. 添加展示的信息

选择好参考物种之后，下一步就是添加需要展示的信息，每个信息称之为track。 通过导航栏的Tracks进行添加，既可以从公共数据库选择，也支持自己上传数据。这里我们从ENCODE数据库选择数据进行展示，通过Public Data Hubs选择公共数据集， 如下图所示，点击右边的加号选择感兴趣的数据集

在下方提供了数据集的视图，通过加号展开对应的数据集，然后点击右侧的Assay区域可以进一步选择数据集

这里我们选择IM90细胞系相关数据，示意如下

可以多选，这里我选择了hic和多种组蛋白修饰和CTCF的chip_seq以及RNA_seq的数据即兴展示。

3. 调整显示方式

默认情况下track的顺序是按照导入的依次顺序进行排列，通过下图红色方框标记的工具集可以调整tracks的排列顺序

其次鼠标右键点击对应的track, 可以对其颜色，y轴范围等进行详细调整，如下图所示

简单调整了每种track的颜色，效果图如下所示

以上只是WashU Epigenome Browser基因组浏览器的基本用法之一，更多用法请参考官方的文档，链接如下

https://epigenomegateway.readthedocs.io/en/latest/