前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >手把手掌握临床研究的必备绘图技能:列线图

手把手掌握临床研究的必备绘图技能:列线图

作者头像
百味科研芝士
发布2019-12-24 13:28:14
3.7K0
发布2019-12-24 13:28:14
举报
文章被收录于专栏:百味科研芝士

点击蓝字关注我们

今天我们学习一下临床研究中常见的图的绘制-列线图。

列线图(Alignment Diagram),又称诺莫图(Nomogram图),它是建立在多因素回归分析的基础上,这里的回归既包括Logistic回归也包括cox回归,通过回归分析将多个预测指标进行整合,然后采用带有刻度的线段,表达预测模型中各个变量之间的相互关系。

根据百度百科给的解释,其主要是通过模型中各个影响因素对结局变量的贡献程度,给每个影响因素的每个取值水平进行赋分,然后再将各个评分相加得到总评分,最后通过总评分与结局事件发生概率之间的函数转换关系,从而计算出该个体结局事件的预测值。

列线图既然也是一种图,那么它究竟代表的是什么呢?从本质上讲应该就是函数关系的可视化,将回归方程通过图形进行展示,使得结果更具有可读性。正是由于列线图这种直观便于理解的特点,使它在医学研究和临床实践中也逐渐得到了越来越多的关注和应用。

今天我们的主题便是如何借助R实现基于cox模型的列线图的绘制。

欲画该图,必备该包rms

1. 安装rmst包,操作很简单,直接install,接着加载进来就行,接着我们还需要加载示例数据,后台回复,即可领取。

这个example数据包含一个示例数据,如下,该数据集包括300个病人样本,6列数据,前两列是病人存活时间和存活状态,后面四列是年龄、性别、stage和血小板数四个指标,接下来的列线图模型主要是从四个因素进行列线图绘制:

2. 数据前处理:注意所有的数据都要经过datadist函数处理,这一步至关重要,否则将运行不成功,接着options进行设置,一般情况下原始的读入数据不应该包括缺失值,如果有缺失值,需要加上options(na.action="na.delete")

3. 构建Cox比例风险回归模型:

4. 建立生存函数

5. 绘制列线图

#此处maxscale=100定义了单项分数刻度为100分,也可以设置10分;fun.at是要显示的横坐标轴,可以不设置,但可能出现数字重叠的情况。

6. 画出列线图:

7. 美化出图,如下:

图如下:

Ok,至此我们的列线图结束,我们继续推出列线图美化系列,今天就和大家分享到这。

R语言绘图与统计

浅谈一款进阶软件R的实际运用

R语言系列第六期:②R语言基本绘图(下)

R语言系列第六期: ①R语言基本绘图(上)

R语言系列第五期(番外篇):R语言与线性模型相关问题

R语言系列第五期:④R语言与生存分析

R语言系列第五期:③R语言逻辑回归预测和检验

R语言系列五:②R语言与逻辑回归建立

R语言系列五:①R语言与多元回归

R语言系列第四期(番外篇):样本容量和把握度计算

R语言系列第四期:④R语言简单相关与回归

R语言系列第四期:③R语言表格数据率的比较

R语言系列第四期:②R语言多组样本方差分析与KW检验

R语言系列第四期:①R语言单样本双样本差异性检验

R语言系列第三期:③R语言表格及其图形展示

R语言系列第三期:②R语言多组汇总及图形展示

R语言系列第三期:①R语言单组汇总及图形展示

R语言系列第二期(番外篇):R先生教你统计概率与分布

R语言系列第二期:①R变量、脚本、作图等模块介绍

R语言系列第二期:②R编程、函数、数据输入等功能

R语言系列第一期(番外篇 ):R的6种对象—向量、矩阵、数组、因子、列表、数据框

R语言系列第一期:R语言背景、下载安装及功能介绍

手把手教你做倾向评分匹配

手把手教你比较两个模型的预测能力

手把手教你画双基因生存曲线

轻轻松松绘制桑基图

手把手教你学会风险因子关联图绘制

手把手教你绘制临床三线表

手把手教你学会森林图绘制

ggpubr—专为学术绘图而生

手把手教你用ggsci包绘制不同杂志风格的图形

手把手带你画高大上的lasso回归模型图

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-12-23,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 百味科研芝士 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档