Gephi动态网络三种绘制方式

公号:咻咻ing

发布于 2019-12-29 19:38:15

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发布于 2019-12-29 19:38:15

我所使用的Gephi版本为0.9.2。网上很多关于动态网络的绘制基本很难实现，下面的方式都是实践总结出来的。

概述：

动态网络是一种包括时间信息的简单网络。你可以想象一下你的朋友关系网络，随着时间的推移，你认识的人越来越多，与这些人的关系也会发生变化，对应到图中，你的朋友节点数和连接数随着时间的在增长，属性值也在随着时间改变。现实中还有很多随着时间改变的关系网络，所以，我们需要使用Gephi来可视化跟时间相关的动态网络。

三种方式生成动态数据

方法一：时间列转化为动态数据

想象一下你的同事关系网络，你入职的时候与同事建立同事关系，离职的时候同事关系结束，这里可以使用这两个时间点来建立动态网络，那怎么在Gephi中实现这个动态的时间间隔呢？

假设你的数据已经导入到Gephi的数据资料中

在[数据资料]中点击[合并列]

在合并列窗口选择要合并的列到右边的窗口，下面选择[创建时间间隔]

选择启动时间列和结束时间列，如果你的列的类型为int选择解析数字，如果为string类型选择解析日期

至此你的动态数据已经生成了。

方法二：导入动态的GEXF 文件

GEXF文件是一种XML标记语言，包含了动态网络所需的所有信息。在GEXF中，你可以使用'start'和'end'属性来标示一个节点或者边的出现和消失。

一个简单的GEXF文件的示例：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<gexf xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft"
       xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
       xsi:schemaLocation="http://www.gexf.net/1.1draft
                             http://www.gexf.net/1.1draft/gexf.xsd"
      version="1.1">
  <graph mode="dynamic" defaultedgetype="directed">
    <nodes>
      <node id="n1" label="Node 1" start="2007" endopen="2009" />
      <node id="n2" label="Node 2" start="2007" end="2009" />
      <node id="n3" label="Node 3" start="2008" end="2009" />
    </nodes>
    <edges>
      <edge source="n1" target="n2" />
      <edge source="n1" target="n3" start="2008"/>
      <edge source="n3" target="n2" start="2008" endopen="2009"/>
    </edges>
  </graph>
</gexf>

说明：

我们使用mode = dynamic来声明这是一个动态网络。
我们使用start和end来表示类似[2007, 2009]包含两个零界点，使用startopen和endopen来表示类似(2008,2009)不包含两个零界点。

复杂点的GEXF文件的示例：

<gexf xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft"
      xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
      xsi:schemaLocation="http://www.gexf.net/1.1draft
                          http://www.gexf.net/1.1draft/gexf.xsd"
                          version="1.1">
  <graph mode="dynamic" defaultedgetype="directed">
    <attributes class="node" mode="dynamic">
      <attribute id="price" title="Price" type="float"/>
    </attributes>
    <nodes>
      <node id="n1" label="Node 1" start="2007" endopen="2009" >
        <attvalues>
          <attvalue for="price" value="25.5" start="2007"/>
          <attvalue for="price" value="42.5" start="2008"/>
        </attvalues>
      </node>
      <node id="n2" label="Node 2" start="2007" end="2009" >
        <attvalues>
          <attvalue for="price" value="12" start="2008"/>
        </attvalues>
      </node>
      <node id="n3" label="Node 3" start="2008" end="2009" >
        <attvalues>
          <attvalue for="price" value="40.5" start="2008" end="2009" />
        </attvalues>
      </node>
    </nodes>
    <edges>
      <edge source="n1" target="n2" />
      <edge source="n1" target="n3" start="2008"/>
      <edge source="n3" target="n2" start="2008" endopen="2009"/>
    </edges>
  </graph>
</gexf>

将上面的文件内容保存为.gexf文件，使用Gephi打开就导入了动态数据。

方法三：导入多个静态的GEXF文件

把下面三份数据保存为三个.gexf文件

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<gexf xmlns="http://www.gephi.org/gexf/1.1draft" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.gephi.org/gexf/1.1draft http://gephi.org/gexf/1.1draft.xsd" version="1.3">
    <graph mode="slice" defaultedgetype="directed" timerepresentation="timestamp" timestamp="1">
        <nodes>
            <node id="n0" label="Bob"/>
            <node id="n1" label="Jack"/>
        </nodes>
        <edges>
            <edge weight="1" source="n0" target="n1">
            </edge>
        </edges>
    </graph>
</gexf>

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<gexf xmlns="http://www.gephi.org/gexf/1.1draft" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.gephi.org/gexf/1.1draft http://gephi.org/gexf/1.1draft.xsd" version="1.3">
    <graph mode="slice" defaultedgetype="directed" timerepresentation="timestamp" timestamp="2">
        <nodes>
            <node id="n0" label="Bob"/>
            <node id="n1" label="Jack"/>
            <node id="n2" label="Sue"/>
            <node id="n3" label="Beth"/>
        </nodes>
        <edges>
            <edge weight="1" source="n0" target="n1"/>
            <edge weight="1" source="n3" target="n2"/>
        </edges>
    </graph>
</gexf>

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<gexf xmlns="http://www.gephi.org/gexf/1.1draft" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.gephi.org/gexf/1.1draft http://gephi.org/gexf/1.1draft.xsd" version="1.3">
    <graph mode="slice" defaultedgetype="directed" timerepresentation="timestamp" timestamp="3">
        <nodes>
            <node id="n0" label="Bob"/>
            <node id="n1" label="Jack"/>
            <node id="n2" label="Sue"/>
            <node id="n3" label="Beth"/>
        </nodes>
        <edges>
            <edge weight="1" source="n1" target="n2"/>
            <edge weight="1" source="n3" target="n0"/>
        </edges>
    </graph>
</gexf>

使用Gephi在[文件]中选择[打开]，然后一起选中上面保存的三个文件打开，在弹框中选中Merge into new worskpace