单基因生信加点免疫组化，4分sci等你来发！

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科研芝士的小伙伴们大家好啊！我是你们的老朋友小木舟~今天给大家分享一篇2019年11月发表于《JOURNAL OF TRANSLATIONAL MEDICINE》的一篇单基因生信结合组化实验的文章，杂志IF= 4.098。文章题目：Prognostic implications of Aquaporin 9 expression in clear cell renal cell carcinoma.原文获取方式，后台回复：JTM。话不多说直接进入正题~

先用一张思维导图来直观的让大家感受一下这篇文章的思路吧~

一、表达差异分析

基于TCGA的RNA序列数据和GEO数据库，比较了AQP9在肾癌组织和癌旁正常组织中的mRNA表达。IHC染色显示AQP9在正常肾组织中未检测到，而在ccRCC肿瘤组织中有中等水平的表达。这些结果表明，与正常组织相比，AQP9在ccRCC组织中的转录水平和蛋白质组水平均高表达。

二、亚组与生存分析

根据AJCC临床分期和ISUP病理分级进行分组，显示了AQP9mRNA的表达与不同临床分期和病理分级的关系。（可用在线工具UALCAN ：http://ualcan.path.uab.edu/index.html完成）。采用Kaplan-Meier方法进行的Progression-Free Survial和OverallSurvial生存分析表明，在TCGA中水通道蛋白9的高表达与较短的PFS(p=0.009)和较短的OS(p<0.001)显著相关。总体而言，在来自TCGA队列的ccRCC患者中，AQP9mRNA的高表达与晚期临床病理参数和不良预后显著相关。

三、体外实验验证

为了验证AQP9mRNA在ccRCC组织中的表达，对380对肿瘤和正常组织进行了RT-qPCR。为了评价水通道蛋白9在肾细胞癌组织中的表达水平，进行了免疫组化染色，发现癌组织中水通道蛋白9的表达密度和强度均显著高于癌旁正常肾组织。

四、功能注释和预测的信号通路

可视化地构建AQP9及其共表达基因网络(在线数据库STRING（点击查看）;http://strin g-db.org)。对涉及的11个基因进行功能富集分析，并用气泡图进行可视化。ClueGO功能注释表明，AQP9生物学过程的改变与膜和膜系统的转运、组成成分密切相关。

五、GSEA获得ccRCC的重要相关基因和标志通路

GSEA共获得100个显著基因，它们之间存在正相关和负相关。用GSEA对AQP9进行标记分析。显示主要途径有补体、凝血、IL6/JAK/STAT3信号转导、炎症反应、缺氧、IL2/STAT5信号转导、同种异体移植排斥反应和NFKB介导的TNF-α信号转导。在热图中对总共100个正相关和负相关的显著基因的转录表达谱进行了分析

六、免疫浸润水平的相关性研究

使用肿瘤免疫估计资源(Timer，https：//cistr ome.shiny apps.io/Timer/)对肿瘤浸润免疫细胞特征与所选HUB基因进行综合相关性分析。肿瘤-免疫系统相互作用的集成库门户TISIDB,用来检查人类癌症中28种类型的TIL的肿瘤和免疫系统相互作用,关于该数据库的详细用法请看我们以往推文 (TISIDB（点击查看）)。基于AQP9表达谱的基因集变异分析，推断TIL的相对丰度。AQP9升高与B细胞、T细胞、单核细胞、巨噬细胞、肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞浸润显著相关(p<0.05)，导致免疫浸润的普遍增加。

七、总结

整篇文章几乎不涉及代码，简单的在线工具结合一点实验就能轻松上4分，偷偷说一句，这个杂志对生信文章比较友好哈?

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