图形化开放式生信分析系统开发 - 6 生信分析流程批量运行与过程控制

在上文生信分析系统开发 - 5 生信分析流程服务器端运行 解决了设计好的流程在分析服务器上运行的问题，随之而来就衍生出的新需求：

一、批量分析流程的运行顺序

流程输入文件是按照样本编号来匹配运行的，运行顺序就取决于样本信息

1. 样本优先级：此处设计样本录入时候，输入优先级字段范围1-9，数字越大优先级越高
2. 样本顺序：样本默认按照录入的时间先后排序，相同优先级的样本数据，按照录入先后顺序排序运行

二、分析流程的过程控制

1. 强制停止：开始分析流程之后，可以在任意时间停止分析过程
2. 错误恢复运行：分析流程运行错误，再次运行，可以选择从错误处恢复运行
3. 调试恢复运行：分析结束，修改pipeline参数后，可以选择从任意一点开始重新分析（应用修改后的参数）
4. 覆盖运行：分析错误或者正常结束后，重新从头开始运行整个分析流程，并覆盖之前的分析结果

技术实现：

一、批量样本分析流程的运行顺序：

依赖于样本的优先级和输入的顺序先后，每次从数据库取出未完成分析的样本列表，按照优先级从高到低，样本输入先后顺序排序。

每次列表中取最上面一个，去指定目录里匹配输入文件，如果输入文件符合匹配要求，立即启动pipeline，开始流程分析。同时更新该样本状态为正在分析，这样下次排序时候就不会重复获取该样本了。

其实就是一个带有优先级参数的先进先出的堆栈

二、分析流程的控制

前文描述了如何将设计好的pipeline运行于服务器，如果要监控整个运行过程，就需要创建一个守护线程，如果用户操作停止分析，这时候守护进程就要终止运行进程，然后报错并返回。

同时，这个守护线程，要负有和前端通信，统计每个分析任务的运行时间，检查分析任务输出是否符合要求等等。

实现效果图：

• 样本优先级

• 强制停止

• 错误恢复运行

• 调试恢复运行

• 覆盖运行