R语言实现蜜蜂群图绘制

一粒沙

发布于 2020-01-22 13:12:21

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发布于 2020-01-22 13:12:21

前面我们讲过抖动散点图的绘制，今天给大家介绍一个更加普遍的一种抖动散点图叫做蜜蜂群图。首先我们看下需要用到的包：

install.packages("beeswarm")

接下来看下主要的核心函数beeswarm。

其中主要的参数：

Method 主要是指的散点图的样式。Center对称群；另外还有swarm（成群的），hex，square。

spacing 各点之间距离。

Cex 各点的大小。

corral 控制点不超过坐标点的区域，可以结合corralWidth设置坐标位置宽度。超出的部分如果设置omit则会忽略；设置random会随机显示在覆盖的区域。

Priority 点的排布，但是只在method=swarm时可用。其可选的参数包括：ascending（升序），descending（降序），density， random（随机显示），none。

Add 是否加在其它绘图之上，比如箱线图上加这个图则设置为TRUE。

Pwcol 设置分组，可以给与不同的颜色显示不同的点。当然，可以支持list设置多个组的不同样本颜色。

Pch 点的形状，可以参考plot对点的设置。

以上函数也就是整个包的核心了，接下来我们直接上实例：

###基本的单组数据distributions <- list(runif = runif(200,min = -3, max = 3), rnorm = rnorm(200),rlnorm = rlnorm(200, sdlog = 0.5))beeswarm(distributions, col = 2:4, pch=16)

###多组数据的data(breast) beeswarm(time_survival ~ ER, data = breast, pch = 16, pwcol = 1 +as.numeric(event_survival),xlab = "", ylab = "Follow-up time(months)",labels = c("ER neg", "ER pos")) legend("topright", legend = c("Yes","No"), title = "Censored", pch = 16, col = 1:2)

##每个组独立设置颜色：Dd=1 + as.numeric(breast $event_survival)mycol=list() neg=which(Dd==1)pos=which(Dd==2)mycol$neg=Dd[1:length(neg)]mycol$pos=Dd[1:length(pos)]+1data=list() data$neg=breast$time_survival[neg]data$pos=breast$time_survival[pos]beeswarm(data, pch = 16, pwcol = mycol,xlab= "", ylab = "Follow-up time (months)",labels = c("ERneg", "ER pos"))legend("topright", legend = 1:3,title = "Censored", pch = 16, col = 1:3)

另外此包还内置了自己的一个箱线图的绘制函数，和R语言基础的函数名称是一样的boxplot：

其中主要的参数：

Probs 需要显示的值。此处可以利用seq函数获取任何想要展示的值，也就是以直线形式画在图中。

Col 指的线的颜色，可以单一也可以多种一起绘制。

接下来我们主要看下结合beeswarm绘制箱线图，直接进入实例：

##基础箱线图 beeswarm(len ~ dose, data = ToothGrowth) bxplot(len ~ dose, data = ToothGrowth, add = TRUE)

###负责箱线图绘制：  data(breast) bxplot(time_survival ~ event_survival, data = breast, probs = seq(0, 1,by = 0.1), col = rainbow(10)) beeswarm(time_survival ~ event_survival, data = breast, pch = 21, bg ="green", add = TRUE)