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SNP突变、转录组和GDSC药物敏感性联合分析文章套路

SNP突变、转录组和GDSC药物敏感性联合分析文章套路

--生信自学网

今天生信自学网给大家介绍SNP突变、转录组和GDSC药物敏感性联合分析的视频,这是一个多组学的文章套路。这个课程是根据最新的4分多的文章进行讲解,将突变数据和转录组数据,以及药物敏感性数据进行联合分析。

首先我们从TCGA官网下载转录组数据和临床数据,整理得到转录组和临床数据库的表格。同时从cBioPortal获取基因的突变情况,得到突变的图形。根据突变情况,我们将病人分成野生型和突变型两组,计算两组的差异基因。同时对差异基因进行GO和KEGG富集分析,探索基因突变可能影响的功能和通路。接下来,我们对差异基因构建蛋白互作网络,查看蛋白之间的相互作用关系。为了将网络划分成不同的功能模块,我们把PPI网络划分成不同的子网,并对子网络进行功能分析。最后,我们通过GDSC数据库查看病人在基因突变后,对药物敏感性的影响。

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