生信分析现在已成为小伙伴们发表文章的标配,里面各种各样的结果展示形式炫目多彩,让人看得如痴如醉,但是让我们自己去画,却不知从何处着手,首先R语言的入门和学习就是许多生信小白的拦路虎。不过,现在许多大神和团队不断推出的在线作图网站却是方便了许多新手作图。
今天分享一个简单、实用、免费的生信结果作图网站,减少生信小白在这方面摸索学习的时间(当然,大神略过~),多一个选择。
首先附上网址和网站主页截图:
http://www.bioinformatics.com.cn/
图1
图2
主页面左边是能做的图形种类,右边是图形示例,包括韦恩图、热图、circos图、火山图、GO富集弦图,另外还有箱体图、柱状图、线图、散点图、漏斗图等,基本上囊括了我们文章发表的常见图形,界面相当友好,不仅有英文名,还有中文名。
接下来,小编以韦恩图、火山图、热图、GO富集弦图、circRNA-miRNA结合图简单做一演示。
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韦恩图
点击图中venn图
图3
出现如下界面,左上角有提示,可以粘贴6个列表,右边显示如何引用。
图4
粘贴自己的数据,演示如下,将两列基因名分别粘贴到右侧两个框内,并修改相应的名字,其他参数默认,然后自动出图
图5
点击图图片右上角,显示下载格式,右边可以调整字体、字号、颜色。
图6
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火山图
点击主页面火山图,进入如下页面
图7
猛一看到,界面上边显示,收费模块,请输入秘钥,还以为要收费,再一看右面,附有密钥:test,就释然了,还是免费的,虚惊一场。
图8
界面右侧列出了输入数据说明及输出示例,都是中文的,小白一看就懂。下面还附有说明,结果图片如何导出及修改。
图9
接下来,小编也演示下,密钥一栏输入test(其他作图种类都一样),按右侧要求整理log2FC、p-value两列数据并粘贴,在上下调颜色处输入up 、down,以及x轴、y轴名字,(这里吐槽一下,这个其实并没有必要,但是不输还不行),然后点击提交,出图。
图10
图11
图片结果对于小白还可以,不过对于大神就略显丑陋了一些~
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热图
回到主界面,点击热图,进入热图绘制界面,左侧是参数设置和输入数据,右侧是输入数据说明及输出实例,小编以示例数据进行演示
图12
图13
图14
这个热图效果还是挺不错的。
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GO富集弦图
GO富集弦图也是富集分析结果的一种常见展示图形,看着比较高大上,在R中可以用GOplot包作图(参见前期推文:《GOplot-画出别样的GO富集分析图》),界面右侧显示其图片结果也是来自这一R包,文字部分也详细说明其数据输入格式及要求,下面我们也用示例数据演示下
图15
图16
此处,我们选择按照logFC排序,看下结果,炫目多彩
图17
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circRNA-miRNA结合图
最后,我们再来看下circRNA-miRNA结合图,主要用于circRNA海绵吸附miRNA的位点展示,看下主界面,右边依然是详细的中文数据说明,清洗明了。依然使用示例数据演示
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