专栏首页生信技能树明明解决了gfortran问题但是仍然安装WGCNA失败

明明解决了gfortran问题但是仍然安装WGCNA失败

最近升级了R,全部R包需要批量安装,所以有了昨天的教程:批量安装R包小技巧大放送 但是总会有一些R包安装失败,比如大名鼎鼎的WGCNA

首先是我们的老朋友了,fortran被集成在gcc中,而macOS本身不提供gcc而是clang,因而借助brew安装!

很简单我们就安装成功了fortran,如下:

有趣的是,接下来我遇到了以前学员遇到的问题:

同样的,很简单,我就安装好了这个包。

还没有完,接下来仍然是报错,所以我们应该是想办法继续安装这个rrcov包。

更有趣的是,这个包居然还是依赖于fortran,可是我明明就解决了它。

这样就很尴尬了,感觉实在是无解了,随笔瞎打一个no,居然成功了。

也就是说这个rrcov其实可以不需要fortran语言,只需要你安装它的时候选择不要从头开始编译它即可。

最后WGCNA成功安装:

其实最后也没有搞清楚问题出在哪里。

玄学?

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee),作者:生信技能树

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原始发表时间:2020-01-18

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