首发|达澈生物率先发布染色体外环状DNA测序（Circle-seq）测试数据
首发|达澈生物率先发布染色体外环状DNA测序（Circle-seq）测试数据
前面我写了一系列circRNA教程，如下：
后来发现居然有circDNA，感觉知识真的是无穷无尽，我是来不及学了，还有有朋友已经写了，就分享一下：
国内公司首发Circle-Seq测试数据~（首发！！！）
近期ecDNA和eccDNA相关研究成果，连续发表在Nature、Cell、Nature Genetics和PNAS等杂志上，对环状DNA的研究迅速成为相关领域研究热点，达澈生物紧跟技术发展前沿，独家首发Circle-Seq测试数据！
下面就跟着小编一起揭开环状DNA的神秘面纱吧~
Circle-Seq的技术原理是，首先富集得到样品中的DNA，随后利用外切酶去除线性基因组DNA，得到Circular DNA，对Circular DNA循环扩增后进行超声打断、建库测序及测序数据的分析。
了解了Circle-Seq的技术原理，下面再来看下达澈生物测试数据的结果吧~
Circular DNA富集质检
以SK-BE2细胞为样品，在外切酶处理线性DNA后，以HBB基因的引物进行了PCR检测【1】，结果显示，经外切酶长时间处理后，线性DNA已消化完全（图1）。
图1 线性DNA消化质检
“
建库测序后，展示数据结果
”
一、 数据质控
采用FastQC软件进行数据质量检测。
输出结果：
图2 Quality scores
从原始数据FastQC检测结果可以看出，测序数据质量很好。
二、 Circlular DNA鉴定
采用Circle-Map软件进行Circular DNA的鉴定，总结鉴定到28317个Circular DNAs，汇总如下：
表1 SK-BE2相关注释
表2 circular DNA分析结果详解
注：
(1) Chr 染色体号；
(2) Start circular DNA的起始位置；
(3) End circular DNA的终止位置；
(4) Discordants 检测到的circular DNA的不一致reads的数目;
(5) Split reads 检测到的circular DNA连接点reads数目;
(6) Circle score circular DNA score值；
(7) Mean coverage circular DNA的平均覆盖度;
三、 Circular DNA基因注释
采用bedtools进行Circular DNA的基因注释，结果如下：
表3 circular DNA的基因注释结果
四、 Circular DNA可视化
IGV可视化
用bamCoverage生成bw文件，部分Circular DNA展示如下：
图3 Circular DNA图示（MYCN）
图4 Circular DNA图示（CDH18）
SK-BE2是MYCN扩增型细胞系【1】，从图3可以看到其明显的reads信号。此外，CDH18基因上（图4）也可看到Circular DNA reads的明显信号。
综上，测试数据质量很好！感兴趣的老师，可以联系我们啦！
参考文献：
1. Koche R P, Rodriguez-Fos E, Helmsauer K, et al. Extrachromosomal circular DNA drives oncogenic genome remodeling in neuroblastoma. Nature Genetics(2019).
2. Verhaak, R. G. W., Bafna, V. & Mischel, P. S. Extrachromosomal oncogene amplification in tumour pathogenesis and evolution.Nat. Rev. Cancer (2019).
3.Sin S T K, Jiang P, Deng J, et al. Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasma. Proceedings of the National Academy of Sciences(2020).
4.Wu S, Turner K M, Nguyen N, et al. Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression. Nature (2019).
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