专栏首页生信小驿站R语言绘制三线表

R语言绘制三线表

在进行文章的撰写时,总是少不了一些表格的绘制,当然最标准的表格就是三线表了。我一般用word绘制三线表,但是R语言也可以且比较省时间。

setwd('D:\\SCIwork\\F4\\clinical')

require(table1)

rm(list=ls()) 

library(dplyr)

library(tidyr)

data <- read.csv('survival.csv', header = T, row.names = 1) 

library(stringr)

colnames(data)

data <- data[-(1:6), ]

data$T  <-   str_extract(data$TNM, "T\\d")


data$Te1  <-   str_extract(data$TNM, "T\\d[a-z]+")
data$Te1 <- ifelse(is.na(data$Te1),data$Te2,data$Te1)


data$N  <-   str_extract(data$TNM, "N\\d")
data$N  <-   str_extract(data$N, "\\d")

data$M <-   str_extract(data$TNM, "M\\d")
data$M <-   str_extract(data$M, "\\d")



data$stage1  <- str_trim(str_extract(data$Stage, "\\s[H-Z]+"),
                         side = c("both", "left", "right"))

data$stage <- ifelse(data$stage1 == "X" ,'', data$stage1)


data$stage 

colnames(data)

data$Age <- ifelse(data$Age > 60, '> 60','<= 60')

table(data$Age)

table(data$OS)



## 对我们感兴趣的变量因子化
data$OS <- 
  factor(data$OS, 
         levels=c(0,1),
         labels=c("Alive", # 第一个作为参考组
                  "Death"))
table <- table1(~ factor(Gender) + factor(Age) + factor(stage) + 
         factor(T) +  factor(N) +  factor(M) | OS, data=data)

table 

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • 单基因生信分析流程(3)一文解决生存分析和临床参数相关分析

    用户1359560
  • R语言与生信系列①(R入门与临床三线表绘制)

    首次分享课讲的是TCGA数据分析,探究某一因素与肿瘤临床数据之间的关系,并自动生成可以用于SCI发表的三线表,如下图所示:

    用户1359560
  • Python常见数据框操作①

    用户1359560
  • WordPress发布/更新文章、提交/审核评论自动清理VeryCloud缓存

    上一篇文章分享了WordPress 发布文章评论自动刷新腾讯云 CDN 的教程,而博客现在还用到了 VeryCloud 的 CDN,正好有朋友在文章后面留言说 ...

    张戈
  • 使用 Python 实现几种常见的排序算法

    冒泡排序是最为基础的排序算法,其核心思想就是相邻元素两两比较,把较大的元素放到后面,在一轮比较完成之后,最大的元素就位于最后一个位置了,就好像是气泡,慢慢的浮出...

    周萝卜
  • R分类算法-Logistic回归算法

    逻辑回归 Logistic Regression 所谓LR,就是一个被Logistic方程归一化后的线性回归,可以将非线性的问题转化为线性问题。 优点: ...

    Erin
  • R分类算法-神经网络算法

    神经网络(Artifical Neural Network) 神经网络(人工神经网络),是一种模仿生物网络(动物的中枢神经系统,特别是大脑)的结构和功能的数学模...

    Erin
  • pandas的一些小知识

    生信编程日常
  • Python中时间格式数据的处理

    1、时间转换 时间转换是指字符型的时间格式数据,转换成为时间型数据的过程。 一般从csv导入过来的文件,时间都保存为字符型格式的,需要转换。 时间转换函数: d...

    Erin
  • Python_冒泡排序

    从小到大的排序:(最前面的数和一步步和后面的数比较,如果大于则交换,如果不大于则继续循环)

    py3study

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券