TCGA是由National Cancer Institute ( NCI, 美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute (NHGRI, 国家人类基因组研究所) 合作建立的癌症研究项目,通过收集整理癌症相关的各种组学数据,提供了一个大型的,免费的癌症研究参考数据库。 下载方式多种多样,在我之前的教程介绍了有官网下载;TCGAbiolinks下载;firehose下载。这一次的学习笔记,主要是写用python快速下载TCGA数据库相关数据。我自己尝试后的优点是:快速(大概三分钟就可以下载完毕);下载的数据与官网GDC下载的相同。
-#下载mRNA/lncRNA表达矩阵