ubiome类似数据dada2处理探索5

前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据，首先双向reads根据质量情况分别切成120bp，然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接，生成ASV表，再分别使用dada2包，decipher包和qiime2进行了物种注释，基本上完成了一个最简单的分析过程。这里填下自己之前挖的坑，比较一下这个含有348条序列的样本，qiime2，dada2和的分类器哪个效果更好。

界门纲目科

只是简单看下分类到某个种类的数目差别。在界（kingdom）这个级别，差别还好（如下图所示），如果差别大才有问题呢！

在门、纲、目和科级别，qiime2和dada2表现相似，decipher表现有些差强人意了。根据这个结果，我认为手上这个数据不适合使用decipher进行物种注释。

属种级别

在属一级，这一般是我们短读长测序16S分析最需要的一级，差别就更加明显了，Qiime2的物种注释依然优势满满。

在种的级别上，dada2教程上说物种注释可以使用以种训练的模型，更为准确，之前是尝试了的，由于手上的序列拼接中间含有10个N，没法注释到属，会报错。所以除去Qiime2有75个注释到种外，其实两个方法是没有到种的。当然，这么短的读长下，到种的准确性有的也是存疑问的。

这里，我们完成了物种注释的结果比较，前面已经进行的探索有：

1.ubiome数据分析流程学习笔记1

2.ubiome类似数据dada2处理探索2

3.ubiome类似数据dada2处理探索3

4.ubiome类似数据dada2处理探索4