GEO数据库单基因文章套路视频(GEO生存分析)

GEO数据库单基因文章套路视频(GEO生存分析)

--生信自学网

今天我们给大家介绍下GEO数据库单基因文章套路”的课程，该课程根据最新发表3分多的文章录制。通过该课程的学习，我们可以单独发表3-5分的文章。也可以通过和TCGA数据库进行联合分析，对TCGA预后模型进行验证。

该课程主要分为4个部分：1）从GEO下载探针矩阵和平台文件，根据平台文件中探针和基因名字的对应关系，对探针矩阵进行注释，得到基因矩阵；2）通过生存分析过滤、独立预后分析过滤和临床相关性分析过滤，得到备选的预后相关基因；3）从备选的基因中选择一个基因，进行生存曲线、独立预后分析森林图和临床相关行箱线图的绘制；4）根据目标基因的中位值，对样品进行分组，分成高低表达组。然后对两组样品进行差异分析，得到差异基因。然后对差异基因进行GO和KEGG富集分析，以及构建蛋白互作网络。