UCSC xena如何下载TCGA临床数据

UCSC xena如何下载TCGA临床数据

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UCSC xena数据库对TCGA临床数据进行了整理，如果需要TCGA肿瘤全部的临床信息，可以通过UCSC xena网站进行下载。以下是详细的步骤：

1.打开浏览器，复制网址: https://xena.ucsc.edu/，进入UCSC xena主页。

2. 进入UCSC xena主页后，点击下图的”Launch Xena”按钮。

3. 然后点击下图“DATA SETS”按钮。

4. 进入”DATA SETS”界面后，选择自己研究的肿瘤。TCGA有两套数，最好选择GDC开头，这套数据和最新TCGA官网数据是配套的。我们以胃癌为例，点击下图圆圈处即可。

5. 进入我们选择肿瘤界面后，我们会发现很多数据，选择其中的”Phenotype”按钮，既可以进入临床数据的下载界面。

6. 进入临床数据界面，点击下载，就可以下载临床数据表格。下载后，解压后就是excel格式，可以重命名.xls打开，或者拖到excel打开。