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UCSC xena如何下载TCGA临床数据

UCSC xena如何下载TCGA临床数据

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UCSC xena数据库对TCGA临床数据进行了整理,如果需要TCGA肿瘤全部的临床信息,可以通过UCSC xena网站进行下载。以下是详细的步骤:

1.打开浏览器,复制网址: https://xena.ucsc.edu/,进入UCSC xena主页。

2. 进入UCSC xena主页后,点击下图的”Launch Xena”按钮。

3. 然后点击下图“DATA SETS”按钮。

4. 进入”DATA SETS”界面后,选择自己研究的肿瘤。TCGA有两套数,最好选择GDC开头,这套数据和最新TCGA官网数据是配套的。我们以胃癌为例,点击下图圆圈处即可。

5. 进入我们选择肿瘤界面后,我们会发现很多数据,选择其中的”Phenotype”按钮,既可以进入临床数据的下载界面。

6. 进入临床数据界面,点击下载,就可以下载临床数据表格。下载后,解压后就是excel格式,可以重命名.xls打开,或者拖到excel打开。

原创声明,本文系作者授权云+社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

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