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10X scRNA免疫治疗学习笔记

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生信技能树jimmy
发布2020-03-30 11:45:22
4510
发布2020-03-30 11:45:22
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文章被收录于专栏:单细胞天地
前言

这次要重复的图片是来自文章:Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA(https://www.nature.com/articles/s41467-018-06300-3)

文章解读在:https://www.jianshu.com/p/b818e38f7e9cs

重要的图片如下:

第一张:PBMC细胞分成13个群(Fig.2a)

需要注意的是,tSNE的聚类结果只能与原文相似,除非拿到作者设置的随机种子,但整体上的分群是一致的

原文使用的代码:

代码语言:javascript
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# https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-018-06300-3/MediaObjects/41467_2018_6300_MOESM6_ESM.txt
TSNEPlot(PBMC, colors.use = c('green4', 'pink', '#FF7F00', 'orchid', '#99c9fb', 'dodgerblue2', 'grey30', 'yellow', 'grey60', 'grey', 'red', '#FB9A99', 'black'))
第二张:帮助判断是否存在批次效应(Supp Fig.6)
第三张:利用一些关键marker基因辅助验证分群结果(Supp Fig.7)
第四张:PBMC的四个时间点各画一张图 (Fig. 2b)

并且比较一下重点关注的一群(CD8+ cytotoxic T cells)在这四个时期中的变化 【使用table函数比较四个时期的细胞数和分成13个群的细胞数,大体上会得到这样一个表】

然后就能得到和原文(下图)一样的结论

第五张:比较两种CD8+细胞差异

在分群结果可以看到,CD8+主要分成了两群,一个是红色的(170个CD8+ cytotoxic T cells,即细胞毒性T细胞),一个是浅蓝色的(429个CD8+ effector T cells,即效应T细胞)

第六张:肿瘤组织的差异分析(Fig. 4)

根据两个时间点(治疗之前和复发)对患者2586-4的MCC肿瘤组织分群,然后看它们之间的基因差异,探究了HLA基因(HLA-A和HLA-B),发现HLA-A在免疫治疗前后没啥变化,而HLA-B的变化显著

后面会通过这样一个table结果来查看

上游操作

上游指的是在服务器对原始数据进行操作,下游指的是利用R对上游结果进行统计分析、绘图

上游主要会进行以下几步【主要对应视频内容的第二单元1-5讲】

  • 服务器conda环境配置
  • cellranger软件配置
  • 文章数据下载及转换
  • 运行cellranger count
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-10-19,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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      • 第二张:帮助判断是否存在批次效应(Supp Fig.6)
        • 第三张:利用一些关键marker基因辅助验证分群结果(Supp Fig.7)
          • 第四张:PBMC的四个时间点各画一张图 (Fig. 2b)
            • 第五张:比较两种CD8+细胞差异
              • 第六张:肿瘤组织的差异分析(Fig. 4)
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