这次要重复的图片是来自文章:Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA(https://www.nature.com/articles/s41467-018-06300-3)
文章解读在:https://www.jianshu.com/p/b818e38f7e9cs
需要注意的是,tSNE的聚类结果只能与原文相似,除非拿到作者设置的随机种子,但整体上的分群是一致的
原文使用的代码:
# https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-018-06300-3/MediaObjects/41467_2018_6300_MOESM6_ESM.txt
TSNEPlot(PBMC, colors.use = c('green4', 'pink', '#FF7F00', 'orchid', '#99c9fb', 'dodgerblue2', 'grey30', 'yellow', 'grey60', 'grey', 'red', '#FB9A99', 'black'))
并且比较一下重点关注的一群(CD8+ cytotoxic T cells)在这四个时期中的变化
【使用table
函数比较四个时期的细胞数和分成13个群的细胞数,大体上会得到这样一个表】
然后就能得到和原文(下图)一样的结论
在分群结果可以看到,CD8+主要分成了两群,一个是红色的(170个CD8+ cytotoxic T cells,即细胞毒性T细胞),一个是浅蓝色的(429个CD8+ effector T cells,即效应T细胞)
根据两个时间点(治疗之前和复发)对患者2586-4的MCC肿瘤组织分群,然后看它们之间的基因差异,探究了HLA基因(HLA-A和HLA-B),发现HLA-A在免疫治疗前后没啥变化,而HLA-B的变化显著
后面会通过这样一个table
结果来查看
上游指的是在服务器对原始数据进行操作,下游指的是利用R对上游结果进行统计分析、绘图
上游主要会进行以下几步【主要对应视频内容的第二单元1-5讲】