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10X空间转录组WORKFLOW

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生信技能树jimmy
发布2020-03-30 14:43:51
8260
发布2020-03-30 14:43:51
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文章被收录于专栏:单细胞天地单细胞天地
作者 | 周运来

男,

一个长大了才会遇到的帅哥,

稳健,潇洒,大方,靠谱。

一段生信缘,一棵技能树,

一枚大型测序工厂的螺丝钉,

一个随机森林中提灯觅食的津门旅客。

前言

记得我们在ST Pipeline||空间转录组分析流程(https://www.jianshu.com/p/7b5d145a515a)讲过,空间转录组就是把之前的单细胞的cell-gene矩阵转化为xy-gene的矩阵,在其中xy是cell的坐标。那么如何获得这个xy呢?今天让我们来看看空间转录组的一般流程吧。

1. Histology

将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像,以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。

2. The Array

空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot,这些捕获探针的 Poly-T 尾可以结合RNA分子的 Poly-A 尾。这些阵列的排列顺序就像一个棋盘,带有相同身份条形码(barcode)的探测位于同一个正方形中。这样就可以确定每个捕获探针及其结合RNA的来源。

3. Tissue Fixation

组织切片固定。该芯片包含一个与组织切片一起成像的视觉可检测框架。这使得在后续步骤中覆盖细胞组织图像和基因表达数据成为可能。

4. Permeabilisation

用我们的渗透试剂对组织进行渗透,这意味着在细胞膜上形成小孔。RNA分子可以通过这些通道离开细胞,并与芯片上相邻的捕获探针结合。因此,基因表达信息被捕获在芯片上。需要通过以下步骤将捕获的RNA分子中存储的信息转换为数据。

5. cDNA Synthesis

cDNA合成是为了创造稳定的双链DNA分子。这是必要的,因为cdna - rna -杂交体的降解速度很快。此外,这是构建可测序文库之前的必要步骤。

6. Library Preparation

cdna - rna -杂交体从芯片上分离出来,然后建库。这意味着分子在某种程度上进行了修改,使之能够通过测序仪器读出它们编码的信息。

7. Massively Parallel Sequencing

创建的库是有序的。因此,关于捕获的RNA编码的基因和RNA来自组织的哪里的信息被提取出来。这些数据在云中存储和分析。

8. Data Visualisation

在最后一步中,所有之前收集的信息都被汇集起来,可以在线访问。这意味着在实践中,您可以查看组织切片的图像并选择组织中的不同区域。然后你可以确定哪些基因在这些区域中以什么数量表达。因此,你可以在一个单一的实验中进行广泛的新分析。

WORKFLOW(https://spatialtranscriptomics.com/workflow/)

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-11-19,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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  • 前言
  • 1. Histology
  • 2. The Array
  • 3. Tissue Fixation
  • 4. Permeabilisation
  • 5. cDNA Synthesis
  • 6. Library Preparation
  • 7. Massively Parallel Sequencing
  • 8. Data Visualisation
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