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社区首页 >专栏 >为什么癌症病人据肿瘤单细胞水平的异质性但是细胞系没有

为什么癌症病人据肿瘤单细胞水平的异质性但是细胞系没有

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生信技能树jimmy
发布2020-03-30 15:05:14
3180
发布2020-03-30 15:05:14
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文章被收录于专栏:单细胞天地单细胞天地

在回顾2014的science关于GBM的单细胞转录组文章,DOI: 10.1126/science.1254257 标题是;Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma 在附件看到了一幅我当时忽略的图。 我发现肿瘤细胞具有病人异质性但是细胞系没有:

如下所示:

可以很清楚的看到,不同病人的肿瘤细胞之间差异还是蛮大的,病人内部的细胞之间的相关性是高于病人之间的,所以可以看到这个聚类是病人内部细胞在一起。但是最右边的两个细胞系就不是这样的啦,两个细胞系虽然也是具有肿瘤细胞异质性,但是相关性要普遍高于病人的肿瘤细胞。

下载表达矩阵看看

在https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell/study/SCP10/glioblastoma-intra-tumor-heterogeneity#study-download可以拿到文章的表达矩阵,是 Glioblastoma_expressed_genes.txt 是 log2(TPM+1) expression matrix for all cells profiled including 5948 genes with highest expression.

给大家一个作业吧,做出上面的相关性热图

这个非常简单,千万不要告诉我你完成不了,任何理由在我看来都是借口,谢谢!(如果你确实没有学过R语言,处于对单细胞数据分析感兴趣的阶段,那就做一点文献搜索,看看有没有其它文章也提出过这个问题哈)

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-12-23,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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