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单细胞染色质开放区域测序技术被NIH的kejizhao承包了

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生信技能树jimmy
发布2020-03-30 15:06:12
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发布2020-03-30 15:06:12
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文章被收录于专栏:单细胞天地单细胞天地

最近听了 南科大靳文菲老师演讲,其中一页PPT提到了他发表在Nature. 2015 Dec 的文章:Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples.就是单细胞染色质开放区域测序技术,我比较感兴趣就搜索了一下发现了一个很有趣的事实

单细胞染色质开放区域测序技术被NIH的kejizhao承包了

  • 首先NIH的kejizhao课题组在25 November 2015 发表在nature杂志的文章:Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples
  • 然后是NIH的kejizhao发表在Nat Protoc. 2017 Nov;的文章Genome-wide mapping of DNase I hypersensitive sites in rare cell populations using single-cell DNase sequencing.
  • 然后是NIH的kejizhao发表在Nature. 2018 Oct;的文章Principles of nucleosome organization revealed by single-cell micrococcal nuclease sequencing. 数据在:GSE96688
  • 昨天是NIH的kejizhao发表Nat Protoc, December 2019 ,文章是:Genome-wide profiling of nucleosome position and chromatin accessibility in single cells using scMNase-seq

关于NIH的kejizhao我将委托一位朋友写一下他的故事

在基因组中,大部分的染色质紧密缠绕在细胞核内,不具有转录活性。染色质重塑作用可以使部分致密的染色质变得松散,这部分松散的染色质被称为开放染色质(open chromatin)或可接近性染色质(accessible chromatin)。

对开放染色质的测序主要有以下几种方法:

  1. DNase-seq
  2. MNase-seq
  3. ATAC-seq
  4. ChIP-seq
  5. FAIRE-seq

感兴趣的可以下载上面的文献回去细读!

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原始发表:2019-12-28,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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