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BiocManager无法安装R包

生信技能树jimmy

发布于 2020-03-30 07:11:28

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代码可运行

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每次开展R语言线下学习班，都需要重新发几次：Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢，虽然大部分同学都是可以根据我们的教程顺利解决问题，但是不幸的人各有各的不幸。一般来说就是Windows电脑的中文用户名需要修改电脑系统的环境变量，R包下载等等。

但是今天有一个学员起初是下载R包无法联网，所以失败，根据我们的经验当然是options(download.file.method = 'libcurl')就轻轻松松解决啦，不过这次居然是仅仅是解决了R自带R包下载问题，使用BiocManager仍然是无法安装R包，如下所示：

当然就得根据关键词去搜索啦!

> BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
错误: Bioconductor version cannot be validated; no internet connection?
此外: Warning messages:

第一次搜索以为是http和https的问题

参考：https://stackoverflow.com/questions/33355444/r-when-trying-to-install-package-internetopenurl-failed

大概意思是让我修改镜像把所有的https都替换为http，步骤如下：

using regular http mirrors instead of https
update your CA certificate bundle to allow proper certificate validation
setting the default download method to "libcurl" and see if that helps: options(download.file.method="libcurl")

但是尝试了，失败！

第二次尝试以为是BiocManager的config文件

所以根据搜索结果使用：

config <- readLines("https://bioconductor.org/config.yaml")

这个时候的报错让我恍然大悟

其实真正的问题还是在联网上面！也就是说options(download.file.method = 'libcurl')并没有完全解决问题。

配置R联网环境

继续搜索R联网环境，这个时候发现了url.method这个配置的解决方案；

options(download.file.method = 'libcurl')
options(url.method='libcurl')

果然，现在在Windows电脑里面R语言的安装R包和下载文件就OK啦。有趣的是，你每次都需要复制粘贴上面两行代码，或者你把它写入到你的R配置文件哦。

那么这两个参数到底是啥区别呢

首先看 download.file.method ，非常复杂：https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/download.file.html

Method to be used for downloading files. Current download methods are "internal", "wininet" (Windows only) "libcurl", "wget" and "curl", and there is a value "auto": see ‘Details’ and ‘Note’.
The method can also be set through the option "download.file.method": see options().

然后看，也很复杂：https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/options.html·

character string: the default method for url. Normally unset, which is equivalent to "default", which is "internal" except on Windows.

接下来就继续安装R包吧

使用管理员打开R哦，然后就

options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
 install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGG.db",ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GSEABase","GSVA","clusterProfiler" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("GEOquery","limma","impute" ),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","hgu133plus2.db" ),ask = F,update = F)