文献读不懂？四步套路法带你快速领悟Nature文章精髓！

导语：很多小伙伴都说读CNS有种望而却步的感觉，看完云山雾罩的；但是大家又非常清楚，认真读一篇CNS的文献，比读10篇小文章更好呢。所以我们今天来一起读一下这篇2019年12月25日发表于《Nature》上的新出炉的圣诞礼物吧。

?ABCD式读文献是什么意思呢？

Part 1. 我们来解读一下题目~

多数基础文献都可以总结为A因素通过B机制影响C疾病的D表型。如果没明白，没有关系，全文都会进行讲解和加深印象。

【题目】Microbial bile acid metabolites modulate gut RORγ+ regulatory T cell homeostasis

题目拆解：菌群胆汁酸代谢物（A因素）调节RORγ+调节型T细胞（下文简述表达为RORγ+Treg细胞）稳态（D表型）。表面上看是这样的，等通读完我们就会发现，题目补充完整是：胆汁酸代谢物（A因素）通过菌群代谢通路或胆汁酸受体（B机制）改善低营养饮食（C疾病）所致Treg细胞降低（D表型）。

Part 2. 总论点已经出现，分论点在哪里？

研究共有5个分论点。

1、低营养饮食（C疾病）时结肠RORγ+Treg细胞降低（D表型）

• 首先给与小鼠高/低营养的饮食，同时设置无菌小鼠组，通过流式细胞学检测小鼠各组织RORγ+Treg细胞，发现饮食/菌群可影响结肠RORγ+Treg细胞。而后给与小鼠补充相应的营养饮食，反向验证。
• 然后检测不同饮食小鼠菌群代谢物（短链脂肪酸）的变化情况，发现粪便SCFA无变化，小鼠给与不同SCFA补充反向验证时，结肠RORγ+Treg细胞也无变化，至此短链脂肪酸机制探索，卒。

2、肠道胆汁酸代谢物（A因素）有助于维持结肠RORγ+Treg细胞稳态（D表型）

• 研究检测不同饮食小鼠菌群代谢物（胆汁酸）的变化情况，发现低营养饮食小鼠部分牛磺酸-胆汁酸、未结合胆汁酸、次级胆汁酸等明显减低。
• 反向验证，给低营养饮食小鼠补充一种或多种胆汁酸，详细检测小鼠脾脏、淋巴结、回盲部、结肠的Th17和RORγ+Treg细胞，发现补充胆汁酸mix可改善饮食所致结肠RORγ+Treg细胞降低，而Th17细胞无变化（组织特异性、细胞特异性）。

3、肠道菌群可通过胆汁酸代谢通路（B机制）调控结肠RORγ+Treg细胞（D表型）

我们都知道初级胆汁酸在结肠处经肠道菌群作用发生生物转化，变为次级胆汁酸。前文第1部分研究中提及，菌群亦可影响结肠Treg细胞，此部分研究即为研究者通过敲除部分菌株胆汁酸转化基因的手段验证，当抑制生物转化时，胆汁酸代谢物是否仍可调控结肠RORγ+Treg细胞，结果显示菌群可调节结肠RORγ+Treg细胞。

4、胆汁酸代谢物（A因素）通过胆汁酸受体（B机制）调控结肠RORγ+Treg细胞（D表型）

• 首先检测小鼠结肠9种胆汁酸受体的表达情况，发现小鼠结肠VDR（维生素D受体）高表达。
• 其次分别敲除小鼠9中胆汁酸受体，观察小鼠结肠RORγ+Treg细胞变化（悄咪咪地说土豪~），发现GPBAR（G蛋白偶联胆汁酸受体）敲除小鼠RORγ+ Treg 细胞无变化，VDR或FXR（法尼醇受体）敲除小鼠RORγ+ Treg 细胞降低，FXR和VDR双敲除与VDR敲除小鼠作用类似，提示VDR单受体作用为主。
• 接着反向验证VDR的作用，给与VDR敲除小鼠低营养饮食后，再次补充前述胆汁酸，发现胆汁酸改善作用消失。
• 最后RNA测序显示上皮细胞或DC细胞通过VDR影响RORγ+Treg细胞。

5、胆汁酸（A因素）缓解肠道炎症（C疾病）

如前所述，低营养饮食对正常肠道的作用已经明确，研究最后在肠道炎症状态下简单重复D表型，发现低营养饮食小鼠给与DSS造肠炎模型时，结肠炎更重，RORγ+Treg细胞降低，第2天补充胆汁酸可逆转，第5天补充不可逆转。重复B机制发现，VDR敲除小鼠给DSS时，肠炎更重；VDR敲除小鼠造成遗传易感性肠炎模型，肠炎亦更重。

Part 3. 总结

至此，文章的思路已经很清楚了。首先说明A因素对D表型的影响，而后探索不同的B机制对D表型的影响，最后在C疾病模型中进行验证补充。

这篇文章借鉴点非常多：

1. 研究思路非常严谨，基本都有反向验证的实验设计。
2. “倒三角”逐渐缩小研究点，比如第1研究论点中观察是否短链脂肪酸影响了RORγ+Treg细胞。
3. 影响因素的联合作用。比如补充胆汁酸反向验证时，设计多种胆汁酸Mix；构建联合基因敲除小鼠，明确主要作用受体。
4. 补充生信数据：第3研究论点中补充了RNA测序的结果。

参考文献：

SongX, Sun X, Oh SF, et al. Microbial bile acid metabolites modulate gut RORγ+regulatory T cell homeostasis. Nature. 2020;577(7790):410–415.doi:10.1038/s41586-019-1865-0.

张老湿：ABCD四步套路法其实是江湖上大名鼎鼎的万能课题公式，很多课题都可以这么去拆解。当然表述方式也可能存在一点差异，比如A基因通过B通路调控C疾病的D方面表型、A药物通过B通路影响C疾病的D表型、A药物通过B基因调节C通路影响D疾病的E表型……，但大概是这么个模式。对于新手阅读文献和提出科学假说方面很有用处。