专栏首页生物信息学、python、R、linuxDistinct enhancer signatures in the mouse gastrula delineate progressive cell fate continuum duri...

Distinct enhancer signatures in the mouse gastrula delineate progressive cell fate continuum duri...

记录一下看过的文献。 这篇文章主要讲述了原始的三胚层在原肠胚形成时需要远端和近端精确到表观调控作用。 Fig1 主要介绍了小鼠原肠胚的表观遗传表达谱。热图表明外胚层、中胚层、中内胚层和胚外谱系的发育过程中差异的基因表达,以及每个表观遗传修饰在近端(TSS±2 kb),侧面(TSS±2 - 10 kb),和远端地区(TSS±10 - 100 kb)的相关性。条形图显示了在ChromHMM所定义的200 bp的 bin的数量,所选择修饰的增加或减少。

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Fig2介绍了近端染色质状态转变反映了胚胎内谱系的非同步细胞命运决定。A图主要是平均基因组覆盖率、组蛋白标记概率、染色质状态定义、基因组注释重叠、平均DNA甲基化水平和非编码哺乳动物保守元件的富集。bdf显示了启动子区域每个胚胎内谱系发育过程中,具有各自染色质状态变化和基因表达变化的200 bp bin的比例(外胚层谱系(b);中内谱系(d);中胚层谱系(f))。将启动子区(TSS±2 kb)分为20个200 bp的bin,计算相同染色质状态变化的bin的百分比。典型的染色质状态变化用矩形突出显示,相关基因也被列出。

Fig3是小鼠原肠胚期的增强子表达谱。基于k-means聚类的增强子模块,包含250万个增强子bin(200 bp),分为双乙酰化增强子bin(深绿色)、active增强子bin(绿色)、poised增强子bin(暗黄色)、bivalent增强子箱(苔藓绿色)和quiescent增强子bin。所有增强子bin分为11个组,18个模块和180个子模块进行功能注释。显示每个组和模块的名称。b- dGO分析(b)、小鼠表型(c)和增强子bin邻近基因各子模块的motif enrichment (d)。矩形为具有代表性功能、表型和基元的选定模块提供精确的丰富功能。

·

Fig3

Fig4讲了谱系特异的增强子在原肠胚发生过程中的动态变化。

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原文: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Distinct+enhancer+signatures+in+the+mouse+gastrula+delineate+progressive+cell+fate+continuum

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