下载ENA数据库文件

ENA数据库：European Nucleotide Archive：隶属EBI (European Bioinformatics Institute)，由 EBI 负责维护，优点是可以下载fastq文件。 网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ 如下载的项目编号：PRJEB29049

image.png

找到所有要下载的文件格式和需要的信息，打钩

可以下载含有文件下载链接的TSV文件，文件不多的话也可以直接下载。 包含下载链接的TSV文件如下

选择fastq那一列的文件格式单独放进一个download.txt

image.png

download.txt如下

image.png

for i in `cat download.txt`;
do
     wget $i
done

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参考： https://www.jianshu.com/p/cf0a7b937413 http://www.chenlianfu.com/?p=2319