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生信第一步-购买腾讯云服务器搭建自己的生信分析环境

因为原先台式机够用(其实是因为懒),虽然看了jimmy的公益、优质教学

但是没实实在在的操练过。

现在因为疫情,就不去实验室了,小命要紧,居家办公,笔记本就不够看了。一遍操练下来,发现光看不练完全没用。。。学了不操练,等于没学。买服务器这一步我就不写了,直接进入正题。

一.腾讯云服务器-构建生信分析环境

01.硬盘设置

挂载数据盘,我先买了200G的云数据盘,暂时够用,手动挂载后,需要进入服务器,再次进行挂载

   df -h # 服务器原始的状态

服务器原始状态

   sudo fdisk -l

挂载1

   sudo mkfs.ext4 /dev/vdb1
 ls /home/
 sudo mv /home/* /tmp/
 sudo mount /dev/vdb1 /home/
 sudo mv /tmp/ubuntu/ /home/

 # 设置自动挂载数据盘,这样关机或者重启后,就不需要再次挂载
 sudo ls -l /dev/disk/by-id
 # 查看数据盘的id
 sudo cp -r /etc/fstab /home/ 
 ls /home/
 sudo vi /etc/fstab
      # 在最后以后写入如下
      # /dev/disk/by-id/virtio-disk-92c3klw1-part1 /home ext4 defaults 0 0
     # 退出

   sudo mount -a
      #  如果以上顺利运行,就说明挂载成功了
 df -h

挂载3写入数据盘id

自动挂载数据盘

02.安装R语言

二.To install the latest version of R

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

三.保存后退出

这里碰到一个问题,系统弹出提示,/usr/local/lib/R/site-library 不能写入,同时,另外两个lib,/usr/lib/R/site-library, /usr/lib/R/library 也都不能写入

三个lib

就按照提示,将包安装入系统提供的personal library

01.安装Rstudio以及shiny

这里碰到一个问题,安装完rstudio-server及shiny后,无法登录8787端口及3838端口,完全不能快乐啊!

这里要特别感谢生信技能树群里的小伙伴,jimmy、skk、李东野、黯蓝、卖萌哥、小洁,在他们的热心帮助下,解决了这个问题!万分感谢!问题出在腾讯云的安全组设置!

rstudio

shiny

开放了端口后,香吗?乱香!

02.安装miniconda

  1. https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#macosx-installers
  2. 下载 sudo mkdir /home/biosoft cd /home/biosoft sudo wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  3. 安装 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装 source ~/.bashrc # 激活
  1. 配置环境变量,创建小环境 conda config --add channels r # 一行一行运行,运行后无提示,即运行成功 conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda cat ~/.condarc # 如果安装成功 conda create -n rna python=3 # 创建一个名为rna的小环境 # 成功后,截图如下
  1. 进入环境,安装软件 conda activate rna # 激活 conda install -y bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools

03.修改一下显示界面

sudo vi ~/.bashrc

# 在最后插入配置行
# PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"
# 保存后退出

source ~/.bashrc

rc配置

OK,到这里,生信配置就完成了!前前后后、反反复复,配置一个云服务器,花了3天的时间,设置自动挂载、寻找源,一个个的解决问题,这还是在有优质的教学视频的前提下假如没有学习成本还要高得多

这里,真的要大力推荐 生信技能树团队 的教程, 感谢jimmy等一批无私分享者!对于我们这样的小白,实在是务必珍贵的资源,希望更多人能够看到,并从中学习到想要的技能、知识!

参考:

生信技能树公众号 - 所有的教程都值得仔仔细细的学习

R官网教程

https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html#secure-apt

Rstudio官网教程

https://rstudio.com/products/shiny/download-server/ubuntu/

https://docs.rstudio.com/ide/server-pro/index.html#introduction

https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/README.html

本文分享自微信公众号 - 生信技能树(biotrainee),作者:杨帆

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2020-03-31

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