一个R脚本解决某类功能基因(比如m6A甲基化)临床预后模型分析流程

我按照上面文章思路，写了TCGA数据分析部分的代码，当然模拟的数据不是文章的肿瘤数据，数据是TCGA-STAD转录组和临床的数据，分析的基因是我随便找的基因，所以结果没有那么好，只是一个处理流程而已，根据自己研究方向订呗。

代码包括了：

➢ 数据下载 ➢ 数据整理 ➢ ****(比如m6A)相关基因表达 ➢ ****(比如m6A)差异分析（参考文章）

➢ 临床数据下载和整理（参考文章） ➢ 肿瘤分型subtype

主成分分析

生存分析

临床相关性 ➢ 单因素COX分析 ➢ Lasso模型构建 ➢ 风险生存分析（R语言批量绘制生存曲线） ➢ ROC曲线 ➢ 风险热图（热图绘制:基因表达谱热图绘制） ➢ 独立预后分析

下面是我模拟数据自动分析结果

差异基因表达谱热图

肿瘤分型

相关性分析

主成分分析

肿瘤分型生存分析

分型与临床相关性热图

单因素COX分析

lasso回归

风险生存曲线

ROC曲线

风险与临床相关性热图

独立预后分析

下面是我跑的时候录下的视频，17分钟就跑完了整个流程