TCGA数据库筛选出有生存意义的lncRNA

长链非编码RNA（Long non-coding RNA）, lncRNA是一类本身不编码蛋白、转录本长度超过200nt的长链非编码RNA分子，它可在多层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达。lncRNA最初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，是一种“噪音”，不具有生物学功能。然而，今年来的研究表面，lncRNA参与了X染色体沉默、染色体修饰和基因组修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等过程，其调控作用正在被越来越多的人研究。

据统计，哺乳动物蛋白编码基因占总RNA的1%，长链非编码RNA占总RNA的比例可达4%-9%，这些长链非编码RNA是基因功能研究的又一座宝库。目前发现的许多lncRNA都具有保守的二级结构，一定的剪切形式以及亚细胞定位。它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置，可以分为5种：正义链（sense）、反义链（antisense）、双向（bidirectional）、内含子间（intronic）、基因间（intergenic），其所在的位置与其功能有一定的相关性。

lncRNA的作用机制 长链非编码RNA的作用机制非常复杂，至今尚未完全清楚。根据目前的研究，lncRNA的作用机制如要有以下几种（如图）。

长链非编码RNA（lncRNA）简介

• 编码蛋白的基因上游启动子区（橙色）转录，干扰下游基因（蓝色）的表达；
• 抑制RNA聚合酶II或者介导染色质重构以及组蛋白修饰，影响下游基因（蓝色）的表达；
• 与编码蛋白基因的转录本形成互补双链（紫色），干扰mRNA的剪切，形成不同的剪切形式；
• 与编码蛋白基因的转录本形成互补双链（紫色），在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA；
• 与特定蛋白质结合，lncRNA转录本（绿色）可调节相应蛋白的活性；
• 作为结构组分与蛋白质形成核酸蛋白质复合体；
• 结合到特定蛋白质上，改变该蛋白质的细胞定位；
• 作为小分子RNA（如miRNA、piRNA）的前体分子。

主要写如何快速的筛选出有生存意义的lncRNA

一般来说lncRNA有一万多个，如何快速的筛选出所有P小于0.05（生存分析）。单因素生存分析，基于TCGA数据库的基因表达矩阵。

• 注释lncRNA
• 合并临床数据（生存数据）
• 快速的筛选分析