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一劳永逸,R的个性化默认配置

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阿凡亮
发布2020-04-14 09:18:26
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发布2020-04-14 09:18:26
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文章被收录于专栏:生物信息学生物信息学

我们自然而然想到:如果每次进入R都要重新配置源,不免麻烦。

这篇文章,我们将讨论如何一劳永逸。

预计阅读时间:3 分钟

No.1

以linux系统为例

首先,在$HOME目录下,新建一个文件.Rprofile,并进入vi编辑器:

代码语言:javascript
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vi ~/.Rprofile

按下键盘Insert键进入vi的编辑模式,然后我们就可以输入代码配置默认环境变量了。比如:

代码语言:javascript
复制
#设置R包默认安装镜像:
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))  #以清华大学镜像为例


#设置bioconductor的默认安装源:
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") #以清华大学镜像为例


#设置默认R包安装路径,以后重装R就不用重新装包了:
.libPaths("自定义Rlibrary路径") 


#设置默认帮助方式为网页:
options(help_type="html")


#设置默认工作目录:
setwd("自定义工作路径")  #自定义路径必须已经存在,路径中不要出现汉字

还可以加上其他自己想要初始化的命令。

编辑完成之后,按下键盘ESC键退出到命令模式,再输入命令 :wq 保存退出,下次再进入R就生效了。

No.2

多镜像配置

如果担心R包和bioconductor一个镜像不够,可以配备多个网址。相关命令修改为:

代码语言:javascript
复制
options(repos=structure(c(CRAN=c("地址1", "地址2","地址3"))))
options(BioC_mirror=c("地址a", "地址b","地址c"))

这样,安装R包的时候,系统会自动按照从左往右(地址1→地址2→地址3)的优先级从镜像中搜索R包,直到寻着合适的R包或者所有皆未找到报错退出为止。

也可以用CRANextra变量实现:

代码语言:javascript
复制
options(repos=structure(c(CRANextra="第二源地址"))) 

No.3

再以win10系统为例

windows10上的R又该如何操作呢?

第①步:

打开记事本或者其他文本编辑软件;

第②步:

输入默认设置(内容同上述linux案例);

第③步:

保存文件到 “此电脑>文档” /.Rprofile (文件没有后缀名哦~);

第④步:

重新进入R/RStudio即可。

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原始发表:2019-10-27,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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