R语言Warning踩坑记之人鼠混合样本基因线粒体百分比计算

前言:之前参加过几个生信培训班也听了一些视频，好几个老师们都是说R语言里面warning不用管，error才重要，我一直牢记于心。Warning从来不看。下面开始正文。

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首先读入数据，并查看前几行，正常

和单物种的不一样的是，因为是人鼠混样测序比对的是人鼠基因组，基因前面分别有个前缀hg38和mm10，前后几个名称分别看一下，可以看到基因名字和物种代号之间使用的是下划线连接起来的。

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创建对象

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计算线粒体基因百分比

为了方便理解，我先把文件读取出来查看下线粒体基因有没有表达，可以看到如图下面的数字。

write.table(pbmc, file= pbmc.txt)

嗯，那么来计算一下。

因为前面的物种代号和基因名字使用下划线连接，所以代码如下

pbmc[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(pbmc, pattern = "^hg38_MT-")

重点是：pattern = "^hg38_MT-"

画个图来看看

VlnPlot(pbmc, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA", "percent.mt"), ncol = 3)

结果是--------------，你没看错，一条直线。

算错了吗?

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查找错误原因

代码拎出来再看看。单独运行这行

PercentageFeatureSet(pbmc, pattern = "^hg38_MT-")

结果如下

真的都是0啊。

前期我读出的结果明明不该是0啊？？？？

4.1 去掉前缀

然后我想会不会是通配符不识别这么长又带下划线的前缀啊。把前缀hg38_掉，变成这样。

再计算一遍。代码如下

PercentageFeatureSet(pbmc, pattern = "^ MT-")

结果真的出来结果了。

但是我总不能每次为了计算都把它去掉吧，还要靠前缀来区分人鼠呢。不过先用着吧，我把小鼠前缀，也去掉，先计算了一遍。

4.2 请教大牛

后面反复思考也想不到办法，想着找大牛发个邮件咨询吧。找了好几个老师的邮箱发了邮件。然后就去吃饭了。

4.3 google搜索

回来不知道为什么就习惯性的把

Warning: Feature names cannot have underscores ('_'), replacing with dashes ('-')

粘到google搜索，也没去理解，结果看到这个，大约意思是下划线和短横线的问题。

这时候意识到是不是不识别下划线，然后我把他都改成短横线，然后结果就出来了。

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总结反思

再回头来看这个warning

发现人家早有警告，说我们已经把下划线改成短横线了。真可谓，不听warning言，吃亏在眼前啊！吃一堑长一智！以后warning也要警惕！这时候，我想着问题解决了，赶紧发邮件给老师们说下，不要再浪费老师们的时间看邮件了。打开邮箱看到健明老师已经回复了，说是下划线的问题。

老师建议我总结下发个帖子被别人做下参考，然后就有了这个踩坑记！我也反思了一下。

我的解决问题步骤不太对，没有充分搜索就去请教别人。应该先充分搜索实践，实在找不到答案了再请教大牛。因为大牛的时间都很宝贵。很多时候可能不会有时间回复这么简单的问题，甚至于我自己都不愿意浪费时间去回复一些被人问的简单问题。还有问题一定注意方法，尽可能简化别人的解答操作步骤。

再次感谢生信技能树，感谢所有为生信发展做出努力的老师！