前面我们介绍了Oxford Nanopore Technologies(牛津纳米孔技术)公司的一些测序仪,也看到了它产出的测序数据,详见:全长转录组分析之牛津纳米孔测序介绍
现在前面一起来详细认识这样的数据吧!
Nanopore测序的下机数据的原始数据格式为包含所有原始测序电信号的二代fast5格式。通过MinKNOW2.2软件包中的Guppy软件进行base calling后会将fast5格式数据转换为fastq格式,用于后续质控分析。(通常测序服务商会给你fastq格式的数据结果)
上次我们提到对于ONT原始下机数据混样建库和非混样建库数据稍微有些区别。混样主要是需要凑够样本数达到一个上机lane的测序量,目前三代全长转录组一个样本基本产出2G就可以满足下游分析,因此,多属于混样建库测序。
对于一次下机的数据,文件如下:
rawdata_file
主要是看fast5和fastq文件:
fastq
可以看到,测序的每个reads的碱基数量非常多!这里面的质量值,仍然是符合fastq格式的定义哦!
fail和pass文件夹是根据测序仪设置的一个指标比如Q值>7对数据进行的一个处理,fail代表指标没有达到这个标准,pass指通过了这个标准。
final_summary
每个测序文件的汇总表,都需要仔细研读,好的数据作为开头,才有可能有好的分析结果。
sequance_summary
此次专题主要学习和记录一些在分析ONT测序产品如ONT全长转录组,ONT甲基化以及ONT重测序中的所思所想所得。
个人所知有限,如有理解错误,还请批评指正。